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加上，工部，军器局的官吏，大部分为进士出身的文官，思想守旧，目光短浅，对发展火器毫无进取心。
朱由校回宫，对工部，军器局进行大刀阔斧改革。
强势合并军器局，兵仗局，火器监，鞍辔局等各种制造火器的部门，组成新的军器局。
大肆提高军器部，使其等级同六部平级，安排徐光启担任首任军器尚书，其内设火药局，枪炮局，子弹局，军械局，机械局，专利局。
火药局研究和生产火药，枪炮局研究和生产枪炮，子弹局研究和生产子弹，军械局负责生产各类枪炮。
机械局负责生产各类枪炮以外的东西，譬如水力磨床，脚踏的磨床等。
专利局，毋庸置疑，保护匠人权利，若研究产品畅销，立马获得丰厚报酬，快速改善生活。
同时，他施行严格检验机制，设计七级工匠薪酬，颁布高额奖励机制，对技艺精湛的匠人授予官职，更大力推行专利制度，希望提高各类火器质量，促使工匠不断推陈出新。
诸事妥当，朱由校向孙元化，张焘，韩霖，毕懋康等普及标准化，流水线生产模式。
大朝日，朱由校增添军器局，他抓住机会踢走工部内传统守旧的官吏，提拔黄克缵，焦毷、何汝宾，薄珏，瞿式耜，李天经，陈于阶，李之藻等精通西学，或擅长枪炮的官吏进工部，军器部。
顷刻，朝廷内，突然冒出一股新势力，即掌控工部，军器部的西学派。
为鼓励技艺精湛的匠人加入军器局，减轻保守派的阻力，朱由校让黄宗羲等管理的大明日报刊印出售报纸，普及朝廷改革，提高百姓对火器的认识，和对专利的普及。
早前大肆出售大明日报，向百姓宣传推行摊丁入亩，开海，重赏，赋税改革等，效果出奇的好，使秦王，张梦鲸，张凤翼在北直隶，山东，河北速度大大加快。
这次，除在匠人内引起轩然大波外，军队反应平平，朝廷好些官吏更百般阻挠，甚至有大臣上书声称火器乃奇技淫巧，认为汉唐没有火器依然能击败蛮夷，为什么汉唐能，大明就不能呢。
特别是他在工部，军器部安排西学派官吏，直接引起不少保守官吏的批判，尤以程朱理学为代表的文官为主，各种上奏希望废除军器局，驱逐徐光启，孙元化等西学派。
朱由校的反驳方法挺简单，除安排黄宗羲，方以智，张采等撰写文章，刊印在大明日报宣传火器的好处，批驳守旧官吏不思进取的做法。
为震慑朝廷宵小，他带文武百官去军器局试验场，让兵勇试射两炮，同时，亮出三段击射击术，震慑弹劾的官吏。
此举，震慑诸多官吏。
不过，大明头铁的官吏官吏更多，黄宗羲，方以智发报批判不思进取的士绅，结果召来孔贞运为首的大批士绅针锋相对。
双方唇枪舌剑，朱由校没有任何干预，还是那句话锣不敲不响，理不辩不明，大明需要解放思想，与时俱进。
他希望大明内部通过不断辩驳，逐步碰撞新的火花，产生出各种新思想，渐渐改变程朱理学一家独大的现象。
此时，他更在乎枪械，火炮的制造。
这阵子，他通读赵士祯神器谱，获悉辽东连同各军镇难以推广鸟铳等火器，非常重要的原因是兵勇的惰性，不愿更换火器，更不愿训练新的火器。
他亲眼见到鸟铳，鲁密铳，掣电铳的威力，改进火药，火箭溜，红夷大炮，现在要做的是将部分样品大批量生产。
既然北军惰性严重，何不从新招募的京营，五军，开始训练呢。
