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顷刻，乾清宫内，百官争得面红耳赤。
见状，朱由校不曾阻挠，反而耐心聆听各种思路，没有完美的制度，却有合适的制度，百官各抒己见，必然渐渐争辩出适合朝廷的军制。
百官争吵中，朱由校渐渐清楚明军各种弊端。
因为镇戍制讲究牵制，总兵与副总兵，参将，游击非垂直隶属关系，相反总兵对三者没法行使管辖权。
参将，游击将军指挥权又为兵备道官吏掌控，总兵又失去后勤，监督权。
朝廷总兵数量稀少，但总兵仅是某镇武将集团统帅，没有朝廷调令则总兵镇守一镇，难以像兵备，参将进行跨镇会战。
这导致朝廷缺乏大规模作战的将领，亦缺乏擅长野战机动部队。
朱由校思索良久，联合以前的思路，脑海中渐渐有了思索，他轻轻敲了敲龙案，打断正在争吵的官吏。
霎时，百官安静，目光齐聚朱由校身上。
朱由校徐徐起身走到玉阶前，声若洪钟说：“诸卿所言，各有道理，国无防不立，民无兵不安。
朕提议废大将军府，五军都督府，改设枢密院，为从一品，专掌军政，掌天下兵甲机密之务，为最高统军机构。
领宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣。平常操练隶属军队，战时奉命出征，截取情报。
其下设陆军部，水师部。
陆军部，依照东南西北中各省地理位置分布，分为五大战区，最高统帅为都督，统领各战区军务。
水师部：由北到南海域分为北海，东海，南海三支水师，最高统帅亦为都督。
另外，调兵权归属总参，提出军事建议，制定军事计划，提出战略目标，发布军令，协助朕指挥战役。
兵部享受行政权，负责管理军队户籍，军队征召和退籍，军官升迁，兵器管理，退籍军人管理，粮草军饷调运，交割，诸卿以为如何？”
此言出，百官静默。
今后各军表面归兵部统辖，实际征兵，编制，升迁，后勤归兵部，练兵统兵归枢密院，调兵作战归总参。
与以前兵部，五军都督府相比，大幅强化军事后勤，却收回兵部调兵权。统兵，作战转交给枢密院，总参。
少顷，朱童蒙神色忧虑的询问：“陛下，臣支持强化军事后勤能力，然而，臣认为陛下的安排不妥，臣建议，不设总参或总参为陛下智囊，兵部保留调兵权，枢密院赋予统兵权，单独设后勤总部负责后勤。”
杨肇基出声附和说：“陛下，臣认为朱尚书的建议更合适，该强化后勤，而非削弱兵部，蒙古之战，陛下提前调运粮草，事实证明，军饷粮草充沛三镇兵勇无后顾之忧，亦能爆发出惊人战力。”
闻言，朱由校微微吃惊，没想到朱童蒙，杨肇基格外关注军事后勤，他目光迅速转向其他人寻求答案。
