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1407年，郑和下西洋时，在巨港设立旧港宣慰司，首任旧港宣慰使为海外华商施进卿。旧港宣慰司是中国历史上为数不多的海外飞地。
1440年，旧港宣慰司辖制地区被满者伯夷吞并。
16世纪，亚齐王国兴起于苏门答腊北端。1607年，亚齐王国苏丹慕达在位时国势鼎盛，成为附近伊斯兰教的宗教文化中心。
19世纪，苏门答腊的各王国陆续被荷兰殖民者打败，唯有亚齐王国维持独立。为了占领亚齐王国，荷兰人付出了惨重的代价。
直到1903年，亚齐王国才沦为荷兰殖民地。
爪哇岛面积约14万平方公里，明代时期西部的雅加达名为巴达维亚。
16世纪初，东爪哇的许多港口与满者伯夷帝国脱离关系，中爪哇和西爪哇建立了帕姜、马打蓝、勃良安、切里博、万丹等穆斯林王国。
1580年，马打蓝王国控制东爪哇和中爪哇，成为最后一个大爪哇王国。1596年，荷兰东印度公司殖民爪哇岛，在巴达维亚设立总部。
1628年至1629年，马打蓝王国两度围攻巴达维亚，都遭失败。1670年，荷兰东印度公司陆续控制了爪哇岛的各个穆斯林王国。
苏拉威西岛是世界第11大岛，面积约17万平方公里。
15世纪，岛上主要有戈瓦苏丹国、波尼苏丹国等伊斯兰教王国。1607年，荷兰人在望加锡建起殖民点，逐渐控制整个苏拉威西岛。
小巽他群岛又名努沙登加拉群岛，主要包括从巴厘岛到帝汶岛的两支岛弧。
16世纪前，巴厘岛、帝汶岛地区曾先后由三佛齐王国和满者伯夷王国统治。17世纪后，巴厘岛、帝汶岛地区逐渐被葡萄牙、荷兰殖民者掌控。
马鲁古群岛位于棉兰老岛以南，由哈马黑拉、塞兰、布鲁等岛屿组成。
以盛产丁香、豆蔻、胡椒闻名于世，香料生产和贸易繁荣，被早期印度、中国和阿拉伯商人称为香料群岛。
1511年，葡萄牙人到达此地，由此引发了百年争端。
首先是葡萄牙人与特尔纳特及蒂多雷苏丹的冲突，随后是葡萄牙人和西班牙人、英国人和荷兰人之间的冲突。
最后荷兰人获胜，得胜的荷兰人赢得了巨大利润。
新几内亚岛又称伊里安岛，东西长约2400公里，中部最宽处650公里。
连同沿海属岛在内面积约82万平方公里，是太平洋第一大岛屿和世界第二大岛。
新几内亚岛最早居民为土着人。
1511年，被葡萄牙人发现。18世纪下半叶，荷兰、英国、德国殖民者接踵而至，新几内亚岛沦为殖民地。
17世纪初，南洋群岛地区总人口大约1100万。
其中苏门答腊岛约290万人，爪洼岛约400万人，加里曼丹岛约70万人，努沙登加拉群岛约60万人，菲律宾群岛约100万人，马鲁古群岛约20万人，苏拉威西岛约120万人，新几内亚岛约40万人。
1900年，东南亚人口约5000万，21世纪增加到6.5亿。
