朱棣决定起兵反抗，但为了争取准备时间，和朝廷展开了一番博弈，于次年（1399年）遣朱高炽、朱高煦、朱高燧三兄弟入京参加太祖周年祭。
当时齐泰、徐辉祖（朱棣妻弟）等大臣都建议将朱高煦兄弟扣留在南京。
但朱允炆为了麻痹朱棣 ，最终还是将他们遣返归国。
朱高煦临行时盗走徐辉祖心爱的宝马，还在沿途击杀驿丞，以最快的速度回到了北平（治今北京），但这也成为后来朝廷指控朱棣的一大罪状。
不久，朱棣以“靖难”为名，在北平正式举兵。
朱高炽留守北平，朱高煦则在外征战，常充前锋。
建文二年（1400年），朱高煦参加了白沟河之战。
当时战况异常惨烈，朱棣连换了三匹战马，射光了三筒箭，手中的宝剑也被砍断，险被南军（即朝廷军队）大将平安、瞿能所伤。
朱高煦在危急之际率数千精锐骑兵来援，与朱棣合兵一处，大败南军，阵斩瞿能父子。
是年十二月，燕军在东昌（治今山东聊城）战败，大将张玉战死。
朱棣虽奋力冲出重围，但遭到了南军的追击，被“击杀者无数”。
朱高煦在关键时刻率部赶至，擒获敌将数人，击退了南军，这才保护着朱棣安全撤离了战场。
建文四年（1402年），燕军攻至长江北岸，准备自浦子口（在今江苏南京西北）渡江，遭到了南军的顽强抵抗。
朱棣因战事不利，甚至打算议和北还。朱高煦此时引兵来援，率众殊死力战，终于扭转了败局。
朱棣随后率大军渡过了长江，很快便攻入南京，在群臣拥戴下即位称帝，史称明成祖。
朱高煦成为了皇子。他因在靖难战场上屡立战功，多次救朱棣于危难，被朱棣认为“类己”，颇以此而自负，且又恃功骄恣，因此多有不法之行，后来，朱高煦又被派回了北平（后改称北京）。
明史评价“成祖屡濒于危而转败为功者，高煦力为多”。
“果然是朱高煦啊，虽说朱高炽也是极好的，不过嘛论及行军打仗还得是朱高煦，而且这一世没有了皇位，这朱高煦必然可以脱胎换骨！”王晨笑道。
没有了朱棣的那句：“世子多病汝当勉励之！”蛊惑，朱高煦就是一位纯粹的军中统帅了。
只不过朱高煦的战绩嘛，记载的倒时不算多，不过朱高煦可以统率指挥张玉、朱能、陈亨、丘福等同时期的名将，就已经说可以这小子的能力了。
【叮咚，系统检测到羁绊五龙同朝激活：朱元璋、朱棣、朱瞻基同处在一个朝代时，全属性均提升5点。
如朱元璋、朱允炆、朱棣、朱高炽、朱瞻基同处在一个朝代时，朱元璋、朱棣、朱瞻基全属性额外提升5点，朱高炽智力值提升7点，政治值提升7点，朱允炆智力值提升5点，政治值下降5点！】
王晨看着这个新出现的羁绊倒是沉默了，好家伙你们一家子都加属性了，就是朱允炆好像是加了吧，但又好像没有加。
提升了智力值，降低了政治值，这就相当于是提升了你逃跑的能力，同时降低了治国的能力，鸡肋啊鸡肋。
