由陈济方主持的《清日会订台事专约》，可算是近代以来，大清国对外签订的，头一份不对等条约了。
《专约》的主要内容包括：
第一，日本承认琉球国久为华夏属国。台湾则固为华夏国土。因此日本此番寻衅台南，实属无理之举，曲在日方。日本愿认错，道歉。
第二，此番为平台事，清国动用军资、抚恤等耗费巨数，需由日本承担偿付。计海关银一百万两，本利分五年付清，年利以每百抽五计算。
第三，此番台事中，日军有数千被俘，全赖清国地方悉心照料，方得还国。日本为答谢，需给付清国地方开销，计海关银三十万两，年内偿清。
第四，日本全境向中原人开放通商、游历、生活。中原船舰亦可自由停靠日港。将双方旧约中，共享领事裁判权、协定关税权和最惠国待遇，改为中原独享。
等等。
而在陈济方眼中，《清日会订台事专约》的内容，其实并不算太苛刻。
这主要是担心若再加码，日本怕就承担不住了。现下就把它压死了，总还是弊大于利。
再有，日本的赔款，大部分还是要交户部的。所以勒索再重，也只是为他人作嫁衣裳。
因此，在大久保利通等人的再三央求下，陈济方也就做了顺水人情，把价码降低至此了。
饶是如此，朝廷里的人，见到此约文字时，也都是惊得张大了嘴巴。大清与洋人交涉三十年来，这是终于见到回头钱儿了。
而日本那边，虽然肉疼得很。但能以这般收场，还算比他们预料的要好一些，大久保利通也终究没白忙活一场。
至于《琉日条约》，其主要内容是这样的：
首先，基于《清日会订台事专约》，日本承认琉球国久为华夏属国。琉球与日本，自古两立，本无关联。而日本侵占琉球多年，是为无理。
其次，既然无理，日本自当放弃对琉球的全部主张，包括奄美诸岛。两国从此以横当与大宝岛之间中线划界，其北为日本，其南为琉球。
再次，日本对琉球的各项侵占，从此全部撤除。日本为长年侵害之行径，向琉球致歉，并付一百万英镑作补偿，分十年结清本息，年息按五分计算。
最后，此约既订，琉日两国永不相干。若日本欲求建交等事，可寻琉球总办署、外务司，商谈办理，不得另取他途。
在同治十三年时，一百万英镑，约合三百三十余万两海关银。而且过去很多年来，都没有过太大浮动。也没人料到，几年后银价将会大跌。
虽说这些钱财，并不能抵偿几代琉球人受到的迫害，但能从此摆脱日本人的魔爪，才是真的让他们感到无比的激动。
当消息传回后，琉球举国欢庆。就连向来沉默喜静的琉球王尚泰，都高兴得在王殿中载歌载舞。
这两份条约，也很快就都得到各家的批准。
择日，于上海，陈济方代表大清，大久保利通代表日本，琉球则由马兼才和陈胜为代表，各行画押用印。条约签订生效。
随后陈济方大手一挥，命将在此前俘获的日军军舰，在拆除武装后，悉数还给了日本。
但俘获的商船就没这说法了，而是全部转交给东和航业，用以抵作战时征用其船只的费用。
大久保利通对陈济方主动返还日本军舰，表示感谢。随后道别，离开上海，返回了日本。
一场由“牡丹社事件”引发的争端，也就此落幕。
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