除了上述这些，新改编的防卫军，还进行了其他一系列的军事改革。随着兵员增多，也组建了更多新的单位，使得防卫军的实力大涨。
这些军事上的准备，终将在未来可能发生的冲突中，派上用场。
“马尾之战”后，又随着法军进攻台湾，旋即进行海上封锁，清廷也终于展开了下一步的行动部署。
九月中旬，朝廷下旨，命李鸿章派遣北洋舰只，南下增援闽台。又诏陈济怀，邀其出兵相助，与北洋合力退敌。
李鸿章接旨后，虽心中不欲，但行动上却不敢含糊。
遂于十日后，派出北洋六艘主力战舰，“超勇”号、“扬威”号、“开济”号、“威远”号、“康济”号和“澄庆”号，赶往上海。
而陈济怀于“马尾之战”后，便考虑到与法国间的协定可能无法保证，两江最终还是会卷入战事，并开始着手进行相应的准备。
但两江毕竟刚刚自治，他还是不愿轻易打破这种相对稳定的局面，心中仍旧摇摆未定。于是对朝廷的要求，表现淡漠。
清廷那边见此，连发数诏，对陈济怀又是斥又是劝。同时令李鸿章督促北洋各舰，可先行南进。
李鸿章岂能乐意，他见两江并无动作，也不愿南行，遂密令北洋六舰盘亘在上海。
就这样又过了十数日，朝鲜那边突生变故，李鸿章借机向清廷请示，调各舰北归应对。
称：朝鲜事变，清日已接仗。日趁清法有事，寻衅图朝，恐祸更烈于越南。请调南下各船，东驶朝鲜弹压。
清廷对其所言深以为意，亦因朝鲜邻近京畿，恐祸乱波及内里，便即刻准奏。
由此，李鸿章如获赦令一般，急令“超勇”号等六舰返回威海卫，南下之事也就不了了之。
北洋各舰虽已撤走，但同时间发生的“水仙花”号事件，却彻底改变了两江的态度。
原本连日来，法军愈发的滥用封锁权，已使得陈济怀心中，战和的天平逐渐发生了偏转。
“水仙花”号事件更是成为了，压垮骆驼的最后一根稻草。
事件发生后，陈济怀指示外务司召见了法国领事葛林德，以空前强硬的姿态，向其提出了抗议。
并向葛林德明确的指出，法军在这个事件中以及此前的行为，是对《江法秘密协定》的蓄意破坏。要求法方给予明确解释，并作出处置。
与此同时，陈济怀秘密召集了，两江防卫军的主要将领，组建陆海军联合参谋总部。负责制定战略战术，并指挥组织即将展开的对法作战。
参谋总部，从此固定下来成为常设，也变成防卫军的最高指挥机构。
陈济怀还密令，各司和省的主要官长，开始着手按照战时开展各项布置。几日后，又成立了战时事务总调专会，总体负责战时各项内政。
两江的车轮，已经朝着对法开战的方向滚滚启动，并且还在不断的加速之中。
清历光绪十年十月二十九日，西历1884年12月16日，第一队两江的战舰，在黎明的昏暗中，驶出了长江口。
并在转向南方后，提速前行。
