感觉大限将至，于是上表乞奏朝廷，希望能够允许儿子庾爰之接替自己，任辅国将军职兼荆州刺史，同时也把儿子叫过来，嘱托后事。
又恐自己死后出乱子，任司马朱焘为南蛮校尉，赶紧出发，率一千人驻守巴陵，并叮嘱他：“我还埋了一支奇兵，若有事故，速召毛穆之！”
秋七月，庾翼故去。
不出庾翼所料，他的部将干瓒等见庾翼去世，趁机作乱，妄图拥兵割据，冠军将军曹据很快被杀，江左乱成一片。
朱焘在巴陵差点没急昏过去，突然想到庾翼遗言，飞速联络建武司马毛穆之。
毛穆之又联合安西长史、将军袁真，共诛之。排兵布阵，有条不紊的稳扎稳打，没多日叛乱被平，首恶被诛杀。
叛乱虽然平息，但是朝廷内部的廷论可炸开了锅。
众臣围绕庾翼临死之前的上奏，展开了激烈的讨论，皆认为庾氏家族世代驻守西部藩镇，治军有方，深得百姓爱戴，应当同意庾翼的请求，让他的儿子庾爰之接替他的职位。
唯有何充有不同意见，他道：“荆楚之地，你们知道有多重要吗？东吴名将陆抗就曾经说过：‘存则吴存，亡则吴亡’。
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这里是国家的西大门，民众过百万，与强大胡虏石虎相邻，再往西去，就是强大的巴蜀汉国，地势险阻，位置紧要，周边有万里之遥。
这样的地方，必须得派一个有能为的人前去镇守，得到合适的人选，不但可保江南安稳，中原说不定都可平定，所用非人的话，可是后患无穷，国家命运堪忧啊！”
众人纷纷点头，对这个没有异议，看法一致。
“但是这么重要的位置，怎能让一个白脸少年去驻守呢，他不是他父亲，担当不了这样的职位！”
众人禁不住面面相觑，他担当不了，那么谁行？
何充道：“我推荐一人，可担此重任，那便是南康驸马桓温，桓温英气无双、谋略过人，文武全才，这个职位，我看没有比桓温更合适的人了。”
此时不免有论议者又提出担忧说：“桓温或许能行，可是庾爰之已经在那里了，他肯让给桓温吗？如果他心有不甘，率军抗命，何大人想到过后果那？还记得苏骏之乱否？出了那种事，国家所受的耻辱和惊惧可是难以想象啊！”
何充微微一笑道：“诸位不必担心，朝廷只管发放符节，让桓温自己去处理这事，如果他制服不了庾爰之，他的才能又在哪里体现呢？你们不必担忧。”
丹杨尹此时站了出来，道：“桓温的才干确实令人惊奇，但是他若得了军权，生出不臣之志可如何是好？我觉得桓温这种有野心的人，还是应该打压，不可让他占据有利地形，给他的封号和权利也都应该悠着点！”
众人看向他，他接着说：“我觉得会稽王司马昱胜任此职！”于是力劝司马昱镇守长江上游，让自己任军司。
司马昱立刻否定，不肯担此重任。
于是一锤定音，调任徐州刺史桓温为安西将军、持符节接替庾爰之，同时兼荆州刺史，桓温受到朝廷诏令，火速上任。
上任之前桓温装束完整，随行兵强马壮，一直对他颇有微词的丹杨尹在路边站着，耻笑他道：“将军装扮成这样，是要干啥去啊？难道哪里有战事发生吗？”
桓温骑在高头大马上，斜着眼睛看着他说：“没有我们这样的人枕戈待旦，保境安民，哪有你这个老贼的坐而空谈？”
丹杨尹禁不住面红耳赤。
庾爰之看到桓温到来，神态自若，不怒自威，一下被他的气场给镇住了，果然不敢相争，乖乖地交出了兵权。桓温很快把庾方之也替换下去。将方之、爰之两兄弟打发到豫章玩去了。
