大顺军西撤，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆，而成功入主京城的清军，在多尔衮的要求下，强制推行剃头政策，致使京师附近的居民惶惧不安，并且还有不少百姓揭竿而起，反对清军的统治。
例如：三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地，皆有武装起义的百姓。
甚至就连京师所用的西山煤炭也因为百姓造反，而无法运入城内。
一时间，整个京师流言四起，甚至传言清军将会对京师进行屠城。
此时，多尔衮也发现情况不对劲，若是这样继续下去，清军很快便会失去京畿周边的民心，于是多尔衮等人急忙辟谣，安定民心，同时派遣大军对起义军进行打压和扫荡。
为了能够尽快消灭控制区域的起义军，清军连‘老稚不能弯弓操刃者’也一并当做起义军屠戮，其残酷的手段，迅速清扫了控制区域内的反对势力。
然而，清军还在奋力消灭控制区域的反对势力，弘光朝廷却按兵不动，让清军拥有足够的时间，稳定控制区内的军心和民心。
1645年，一月中旬，清军派大明降臣方大猷为监军副使招抚山东，几天后，清军又派降臣王鳌永，以户部、工部侍郎的名义招抚山东、河南。
同月二十日，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，二十四日派固山额真叶臣领兵收取山西。
为了减少山东地区的明军抵抗，觉罗巴哈纳和石廷柱直接发出檄文：“奉摄政王令，各调兵马前往山东等处，所过地方官民出郭迎接，违者以抗师治罪。”
半月后，觉罗巴哈纳和石廷柱平定了霸州、沧州、德州、临清之后，多尔衮暂停了他们前进的步伐。
因为从这段时间，清军出兵山东，以及出兵清扫京畿周边的起义军的情况来看，南京方向的明军，完全没有丝毫的动静，就这般随便的把山东大批的州县拱手相让，让多尔衮意识到，清军目前真正的对手是大顺军，而非南京的明军。
很快，觉罗巴哈纳和石廷柱就被多尔衮调往山西，会同叶臣部，进攻太原等地的大顺军。
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1645年，二月，笨港，都督府。
此时，杨三生正抱着上个月才刚出生的儿子，喜笑颜开，而一旁的杨琮和郑芝龙的心情也变得甚好，杨三生有了儿子后，郑家和杨家的关系只会更加亲密。
“急报！”
一道突兀的声音，打断了此时的温馨。
杨三生急忙把孩子交给一旁的奶妈，转身前往书房，而杨琮和郑芝龙也立刻跟着杨三生一同前往书房。
片刻后，书房内。
“启禀副都督，清军占领山东绝大部分州县，唯有新泰县等寥寥几座隶属大顺的城池拒绝投降清军。”
士兵汇报完后，转身离开。
待到士兵离开后，杨三生这才开口道：“传令萧平、冯保、尚可喜，时机已到，命他们伺机攻占朝鲜全境，同时，登陆旅顺！”
随后，杨三生又下令在笨港休整的蒋西山和陈兴邦前往巨济岛，向驻守巨济岛等地的萧平了解朝鲜当地的局势，并任命蒋西山为此番进攻朝鲜的主将，其余众将皆需听从其指挥。
