1876年，随着收复新疆的战争一触即发，军费问题成为了摆在左宗棠面前的一道难题。当时，各省积欠陕甘军费已达2000余万两，仅仅依靠各省关协饷根本无法解决这一庞大的军费开支。
面对如此严峻的形势，左宗棠决定采取借款的方式来筹措军费。他援引沈葆桢为台湾防务借款的旧例，向朝廷请求借洋款一千万两。然而，这一提议却遭到了沈葆桢的反对，使得借款计划一度陷入困境。
经过几番波折和协商，清廷最终下诏，令户部拨款200万两、各省协饷300万两，并准许左宗棠自借洋款500万两。然而，这些资金仍然无法满足西征军的全部需求，经费短缺问题依然严峻。
为了解决这个问题，左宗棠在接下来的几年里多次为西征军借洋款。1877年、1878年和1881年，他分别向洋商借款，总计在1874年至1881年间向洋商借款1375万两。此外，他还向华商借款846万两，以进一步缓解军费压力。
克复北疆
1876年4月，左宗棠在肃州举行庄严的祭旗仪式，标志着他正式出兵收复新疆。他坐镇肃州，精心策划并指挥了这场艰苦卓绝的战役。左宗棠命令刘锦棠和金顺分别率领两路大军，先后出关，向新疆进发。
考虑到新疆地区饮水困难的实际情况，左宗棠采取了巧妙的策略。他将大军分成千人一队，每隔一天进发一队，以确保每队都能得到充足的饮水和补给。刘锦棠率领的北路军从肃州出发，经过长途跋涉，顺利进入了哈密。金顺则率领南路军，与刘锦棠在哈密会合。
在哈密，刘锦棠的部队将之前从肃州等地陆续运来的军粮进行再次转运，翻越了险峻的东天山九曲险道，将这些宝贵的物资分运到了巴里坤和古城等地。这些军粮为后续的军事行动提供了坚实的后勤保障。
很快，刘锦棠的前锋部队就占据了距离乌鲁木齐不足三百里的济木萨（今吉木萨尔县）。这一战略要地的占领，为收复乌鲁木齐创造了有利条件。
同年8月，刘锦棠和金顺两军协同作战，经过激烈的战斗，成功攻下了乌鲁木齐外围的古牧地。阿古柏的帮凶白彦虎、马人得见势不妙，弃乌鲁木齐而逃。刘锦棠则兵不血刃地收复了乌鲁木齐（8月18日）。紧接着，金顺进占了昌吉，而荣全在刘锦棠的协助下也攻克了玛纳斯城。
打开南疆
在收复北疆后，左宗棠并未停下脚步，而是将目光转向了南疆，准备进一步打开通往南疆的门户。达坂、托克逊、吐鲁番三城作为南疆的战略要地，对于整个战局具有至关重要的影响。
左宗棠深知南疆战役的艰巨性，他告诫刘锦棠不要急于求成，要稳扎稳打。同时，他精心布置了三路进军计划，命令金顺留守乌鲁木齐，而以刘锦棠为前线总指挥，全权负责南疆的收复工作。
1877年4月，刘锦棠率领大军出击，迅速收复了达坂城和托克逊城。与此同时，徐占彪与张曜也在盐池会师，成功攻克了吐鲁番的门户七克腾木。阿古柏见势不妙，只好放弃吐鲁番，逃往焉耆，只留下其幼子驻守库尔勒为其垫后。然而，刘锦棠、张曜、徐占彪三军迅速合击，又收复了吐鲁番。
阿古柏见通往南疆的门户已经被打开，自知大势已去，便服毒自杀（也有说法是被毒杀）。他的长子伯克胡里为了争权夺位，杀死了自己的弟弟，并率领残部逃往喀什。而白彦虎则率领余众逃窜到了开都河一带。
然而，在清军收复新疆的过程中，并非一帆风顺。英使威妥玛多次对清廷进行恫吓，并试图阻挠清军的进军。此时，他又劝清廷停止进军，将阿古柏势力认作藩属。同时，海防派也在朝廷中运作，试图阻止清军的收复行动。
面对这些压力，左宗棠毫不退缩。他上疏据理力争，强调新疆的战略意义以及当前的大好形势。同时，他还提出了要在新疆实行省制的建议。最终，他的坚持和努力得到了清廷的支持，清军得以继续新疆的收复战。
收复南疆
在清军成功打开南疆门户后，左宗棠并未满足于已有的战果，而是继续指挥西征军向南疆深处挺进。此时，沙俄与土耳其之间正爆发第十次俄土战争，金顺建议利用这一时机，乘虚袭取被沙俄霸占的伊犁。然而，左宗棠深思熟虑后认为，此举师出无名，可能会遭到沙俄的谴责和反击，因此决定留下不打。
同年8月，清军从正道向西挺进，开始了南疆的全面收复行动。他们首先收复了南疆东四城，即喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什。这些城市的收复，为清军进一步深入南疆奠定了坚实的基础。
随后，清军又再接再厉，收复了南疆西四城，即喀什噶尔、英吉沙、叶尔羌与和田。伯克胡里与白彦虎见大势已去，只好逃往俄国，寻求庇护。至此，由英、俄两国支持的阿古柏之乱终于被平息。
在这场艰苦卓绝的战役中，左宗棠展现出了卓越的军事才能和战略眼光。他指挥若定，运筹帷幄之中，决胜千里之外。在他的领导下，西征军将士们英勇奋战，不怕牺牲，最终取得了这场战役的胜利。
1878年1月2日（农历仍为光绪三年），和田被成功克复，标志着南疆的全面收复。这一消息传来后，清廷对左宗棠的功绩给予了高度评价，并诏封他为二等恪靖侯。同时，新疆各地也纷纷在大小村镇建立左公祠，烧香礼拜，以表达对左宗棠的敬仰和感激之情。
六、壮士长歌
1871年，沙俄趁着新疆地区动荡之际，出兵占领了伊犁，并声称此举是为了维持当地秩序。然而，这一行动实际上反映了俄国对领土扩张的野心。当时，清政府正面临内忧外患，阿古柏在新疆建立伪政权，严重威胁到清朝对新疆的统治。但随着左宗棠领导下的西征军逐渐收复失地，包括乌鲁木齐、玛纳斯等地，清廷开始考虑通过外交途径解决伊犁问题。
1878年，左宗棠多次向朝廷上书，提议设立新疆行省并收回伊犁，同时要求引渡叛乱分子胡里和白彦虎等人。期间，他也尝试与俄国方面直接沟通，但未取得实质性进展。随后，清廷派遣崇厚前往俄国谈判，但因对方提出苛刻条件而未能达成协议。崇厚被迫签订了《里瓦几亚条约》，该条约内容对中国极为不利，引发了国内强烈不满。左宗棠对此表示坚决反对，并向皇帝阐述了其观点，认为不应轻易割让国土以求和平，主张应先通过外交努力解决问题，若失败则准备武力对抗。
鉴于此，清政府决定重新派遣曾纪泽赴俄重开谈判，与此同时，左宗棠积极筹备军事行动作为后盾。他将部队分为三路向伊犁方向推进，并亲自坐镇哈密指挥全局。在哈密期间，除了加强军队训练外，他还致力于改善后勤保障，如修路、屯田等措施，为可能发生的战争做足准备。这些举动无疑增加了中国在谈判中的筹码。
面对清军的强大压力以及国际形势的变化（尤其是俄土战争刚结束），俄国最终选择妥协。1881年2月24日，在曾纪泽的努力下，《中俄伊犁条约》正式签署。根据新条约，虽然中国需支付更多赔款且丧失部分领土，但仍成功收回了伊犁九城及特克斯一带，同时也在领事权等方面获得了一定程度上的利益恢复。对于这一结果，左宗棠内心复杂，既认可了曾纪泽所做出的努力及其对国家利益的贡献，也表达了对未能完全实现目标的遗憾之情。
七、外放两江
1881年，左宗棠被召至北京担任军机大臣，并在总理各国事务衙门行走，负责管理兵部事务。在北京期间，他积极参与了多项国家大事的处理，包括练兵、治理黄河水患以及禁烟运动等。然而，由于与同僚之间存在意见不合，加上自身并不习惯于中央政府的工作方式，使得他在京城任职的经历并不十分愉快。
同年10月，鉴于其卓越的行政能力和以往在地方上的成功经验，清廷决定调任左宗棠为两江总督兼南洋通商大臣。两江地区指的是今天的江苏、安徽和江西三省，是当时中国经济最为发达且对外交流频繁的重要区域之一。到任后，左宗棠立即着手推动了一系列改革措施来促进当地发展。其中包括大力兴修水利设施以提高农业生产效率；对盐务进行整顿以增加财政收入；支持开展洋务运动引进西方先进技术设备；加强海防建设以抵御外来威胁等。这些举措有效地促进了该地区的经济发展和社会稳定。
特别值得一提的是，在1882年沙俄正式归还伊犁之后，左宗棠第五次向朝廷上书建议在新疆设立行省。他认为，鉴于新疆刚刚收复且西征大军尚未完全撤离，此时正是建立省级行政区划的最佳时机。通过设置正式的地方政权机构，不仅能够更好地巩固边疆安全，还能加快恢复生产生活的步伐，有利于实现对该地区的有效管理和长远规划。经过多次恳切陈词，最终说服了清政府采纳其建议。于是，从1883年起，有关新疆建省的各项准备工作陆续展开，直至1884年（光绪十年），新疆省正式成立。
八、督师抗法
1883年，中法之间的紧张局势因越南问题而急剧升级。法国试图加强对越南的控制，并意图通过越南进一步向中国南部扩张其势力范围。面对这一严峻形势，左宗棠敏锐地意识到了潜在的危机，他不仅上奏清廷详细分析了当时复杂的国际环境及可能引发的后果，还主动请缨前往前线督军作战。与此同时，为了增强军队实力，他还命令王德榜招募士兵组建了一支名为“恪靖定边军”的部队，准备应对即将到来的冲突。尽管清政府同意了他的部分提议，但出于对左宗棠健康状况以及战略层面考虑，并未批准他亲赴前线指挥。
随着中法战争的爆发，尤其是1884年马尾海战后中国海军遭受重创的消息传来，使得整个国家陷入了极大的恐慌之中。在此背景下，原本因眼疾在家休养的左宗棠提前结束假期返回北京，被任命为军机大臣并负责管理神机营事务。同年8月，在法国舰队摧毁福建马尾的中国海军基地之后，清廷终于决定派遣左宗棠以钦差大臣的身份南下督办闽海军务，希望能够扭转不利局面。抵达福州后，左宗棠迅速采取行动加强沿海防御体系，并组织起一支名为“恪靖援台军”的队伍准备支援台湾。
进入1885年后，虽然在镇南关战役中取得了显着胜利，甚至成功收复了谅山等地，但清政府却选择了趁胜求和的战略方向，下令停止一切军事行动并与法国进行和平谈判。对于这种做法，作为坚定主战派代表人物之一的左宗棠感到非常不满，他认为应该继续施加压力迫使对方接受更加有利的条件。为此，他曾向朝廷提交了一份题为《密陈要盟宜慎防兵难撤折》的奏疏，力图说服决策者改变既定方针，可惜未能如愿。
更令左宗棠气愤的是，潘鼎新、刘铭传等人借机陷害攻击“恪靖定边军”首领王德榜及其支持者台湾道刘璈，导致二人失去权力。面对如此局面，左宗棠不得不站出来为自己的部下辩护，并表达了强烈的不满情绪。最终，在屡次建议未被采纳的情况下，这位老将选择了称病辞职的方式表达抗议，结束了自己长达数十年的政治生涯。
九、抱憾而终
1885年，左宗棠虽已年逾古稀，但依然心系国家安危。那一年的7月29日，在意识到自己健康状况日益恶化的情况下，他向朝廷提交了两份重要的奏折。第一份奏折中，左宗棠建议设立专门负责海防事务的大臣职位，以加强沿海地区的防御能力；第二份则提议将福建巡抚的职责范围调整为专注于台湾岛的治理，即成立一个独立的台湾省。这些建议反映了他对当时中国面临外来威胁时所表现出的战略眼光与前瞻性思考。
不久之后，清政府采纳了他的部分建议，成立了总理海军事务衙门，并最终决定将台湾正式设为一省，这标志着左宗棠生前最后的努力得到了认可。然而，就在这些重要决策出台之际，左宗棠却因病重无法亲眼见证其实现。
同年9月5日，左宗棠在福州逝世，享年七十四岁。临终前，他口述了一份遗折给皇帝，这份遗言充满了对国家未来的深切忧虑以及对未竟事业的遗憾。左宗棠首先表达了对清朝统治者的感激之情，感谢多年来给予的信任和支持。接着，他提到了中法战争期间未能充分展示国力、彻底击败敌人的不甘心，认为这场冲突是检验中国实力的关键时刻。尽管如此，左宗棠并没有沉浸在个人的情绪之中，而是提出了多项关于如何增强国力的具体建议，包括加强军事建设、发展教育体系等措施，并鼓励年轻的光绪帝继续努力振兴国家。
消息传到北京后，清廷上下深感悲痛。为了表彰这位杰出的政治家和军事领袖一生为国为民作出的巨大贡献，9月27日，清政府追赠左宗棠为太傅，并赐予“文襄”这一尊贵的谥号。“文襄”意指其既有卓越的文学才华又具备优秀的辅佐之能，是对左宗棠全面才能的高度肯定。此外，还特别允许将其牌位供奉在京师的昭忠祠（纪念忠勇将士）和贤良祠（纪念德才兼备之人），并在湖南及其立功省份建立专祠以示纪念。
