党争初起
慈禧将奕?排挤出军机处和总理衙门后，开始依赖奕譞主持朝政。然而，奕譞深知慈禧的性格，因此在处理政务时小心翼翼，如履薄冰，日子并不轻松。光绪十一年（1885年）九月，清廷成立了海军衙门，任命奕譞总理海军事务，并由奕匡和直隶总督李鸿章协助。实际上，他们是在慈禧的授意下，以建设海军为名，修复了在第二次鸦片战争中被英法联军焚毁的清漪园。为了掩盖这一工程的真实目的，他们恢复了昆明湖的水操，并在此设立了水师学堂。到了光绪十四年（1888年）二月一日，慈禧以光绪帝的名义发布上谕，正式宣布这项工程，并将清漪园更名为颐和园，寓意“颐养冲和”。
光绪十二年（1886年）六月，慈禧当面向奕譞和世铎透露了让光绪帝亲政的计划。光绪帝当即表示不愿亲政，而奕譞和世铎等人也恳请慈禧暂缓这一决定，但慈禧坚持己见。不久后，慈禧发布懿旨，宣布将于次年正月十五日举行光绪帝的亲政典礼。面对朝臣们的请求，慈禧最终同意在光绪帝亲政后继续训政数年。
随着光绪帝逐渐长大成人，慈禧愈发感受到自己的权力受到威胁。光绪十四年（1888年）十月，慈禧主导了光绪帝的婚姻大事，将自己的胞弟副都统叶赫那拉·桂祥的女儿静芬指立为皇后，并同时选入了侍郎长叙的两个女儿为瑾嫔和珍嫔。次年正月，大婚礼成。然而，光绪帝对慈禧包办婚事表示不满，借口有病取消了宴请那拉氏家族的盛大宴会，并将宴桌分送给在京的王公大臣，这一举动在当时引起了不少议论。光绪帝与慈禧之间的关系因此进一步恶化，也为后来的帝后党争埋下了伏笔。
光绪十五年（1889年）二月初三日，慈禧正式撤帘归政。御史屠仁守上疏请求明确发布懿旨，要求外省密折和廷臣奏折仍需呈报皇太后圣鉴。慈禧对此表示不满，并斥责屠仁守“乖谬”，将其开去御史职位，交由相关部门议处。慈禧的这一举动表明，她并非真心愿意放弃权力，而是希望借此向外界展示自己撤帘归政是出于无奈。
尽管慈禧名义上撤帘归政，但实际上朝中一切重要的用人行政事宜仍由她掌控。光绪帝在处理朝廷大事时，仍需请命于慈禧。这种局面表明，慈禧虽然名义上归政，但实际上仍然牢牢把控着朝政大权。
到了光绪十六年（1890年），奕譞病重。此时，慈禧对醇王一家已有猜忌之心，因此很少去看望奕譞。直到奕譞病危之际，慈禧才带着光绪帝前往探视，但父子相见时几乎无言以对。此后，光绪帝希望再次探望，但始终未能如愿。这一系列事件反映出慈禧与光绪帝之间的矛盾已十分尖锐。
戊戌之变
戊戌变法，又称百日维新，是晚清时期一场旨在学习西方、改革内政、挽救民族危亡的自上而下的资产阶级改良运动。这场运动的发生，背景是甲午战争后，中国面临着帝国主义瓜分的严重危机，民族矛盾和社会矛盾空前激化。在这样的背景下，光绪帝在维新派的影响下，决心进行变法，以期实现国家的富强。
光绪二十四年（1898年），在慈禧太后的默许下，光绪帝发布了“明定国是”诏书，标志着戊戌变法的正式开始。诏书中明确提出了讲求西学、变法自强的国策，为维新运动提供了合法地位。随后，光绪帝发布了一系列变法诏令，包括设立农工商总局、京师大学堂等机构，改革科举制度，废除八股文，鼓励兴办实业等。这些措施旨在推动中国社会的近代化进程，增强国家的综合国力。
然而，戊戌变法的推进并非一帆风顺。一方面，守旧势力在朝廷中依然拥有强大的影响力，他们对变法持反对态度，甚至不惜采用各种手段阻挠变法的实施。另一方面，变法派内部也存在着分歧和矛盾，加之光绪帝在权力上受到慈禧太后的制约，使得变法在推进过程中遇到了重重困难。
在变法过程中，慈禧太后虽然表面上对变法表示支持，但实际上却暗中操纵着局势。她通过重用亲信大臣、掌握人事财政和军事大权等手段，逐步削弱了光绪帝的权威。同时，她还利用守旧势力对变法的抵制情绪，暗中策划了一场政变。
戊戌政变发生在变法进行的第103天。当时，慈禧太后以光绪帝的名义发布了训政诏书，宣布重新训政，并立即逮捕了维新派的主要领导人康有为、梁启超等人。随后，她又以“结党营私、莠言乱政”的罪名，将康有为等人革职查办，并杀害了谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第、杨深秀、康广仁六位维新志士。这场政变标志着戊戌变法的彻底失败。
立储失败
变法失败后，慈禧想以光绪帝病重为借口，另立新君。由于列强和一些地方督抚的反对，慈禧太后的计划没有实现。最后，慈禧太后采纳了荣禄的建议，以光绪帝“痼疾在躬，艰于诞育”为理由，于光绪二十五年十二月二十四日（1900年1月24日）立端郡王载漪之子溥儁为大阿哥。 [11]此事最后以“两宫回銮”前后，载漪、溥儁父子被发配新疆而告终。慈禧废光绪帝的企图宣告破灭。
六、仓皇西狩
戊戌政变后，中国北方兴起了义和团运动。起初，慈禧对义和团持剿灭态度，但随着义和团运动的发展和帝国主义侵略的加剧，她的立场逐渐转变。
光绪二十五年（1899年）十一月，慈禧在帝国主义的压力下，撤换了同情和支持义和团的山东巡抚毓贤，代之以袁世凯。然而，她连续三次发布谕旨，要求袁世凯在处理民教案件时要公平对待，避免单纯依赖武力，强调以弹压和解散为主要手段，确保京畿地区的稳定。慈禧希望各省督抚能够谨慎选拔贤能官员，整顿地方治理，与民众休养生息。在处理民教纠纷时，应该公平处理，化解矛盾，避免事态扩大，从而达到巩固政权和维护国际关系的目的。
然而，袁世凯在山东的镇压行动导致义和团遭受重大损失，与此同时，直隶地区的义和团却迅速壮大，并逐渐进入北京。光绪二十六年（1900年）四月二十四日，涞水义和团杀死了前来镇压的清军副将杨福同。到了二十九日，约三万义和团成员占据了涿州。各国驻华公使要求清廷镇压义和团，但不顾清廷反对，坚持调兵进京保护使馆。
在这样的背景下，军机大臣赵舒翘和顺天府尹何乃莹上奏建议，鉴于义和团声势浩大，与其镇压，不如招抚并加以利用，将他们编入军队，利用他们的仇教情绪转化为对抗外国势力的力量。慈禧对这一建议表示赞同。五月初九日至初十日，慈禧派遣赵舒翘和协办大学士刚毅前往涿州考察义和团情况。随后，在十日晚上，慈禧召集王公大臣秘密讨论应对义和团的策略，最终决定对义和团实行招抚。
然而，就在慈禧决定招抚义和团的同时，各国驻京领事接到了本国公使要求紧急调兵进京的急电。五月十四日，一支由英国海军中将爱德华·霍巴特·西摩尔率领的近两千人的八国联军分批乘坐火车从天津出发，前往北京。这支联军在行至廊坊时，遭遇了义和团的阻击（参见廊坊阻击战）。十五日，大量义和团成员进入北京，次日，北京的义和团开始焚烧教堂。
慈禧派遣官员慰问各国公使及其家属，并试图劝阻各国调兵进京，但各国公使联名照会总署，表示联军已经决定进京，无法阻止。随着联军进入北京，他们在各国使馆官员的指挥下，在北京街头肆意抓捕、驱赶、枪杀甚至炮击义和团成员及无辜中国居民。
随着义和团运动的兴起和发展，清朝统治集团内部围绕是否招抚义和团以及如何应对帝国主义侵略的问题产生了激烈争论。顽固派代表人物如载漪、刚毅、徐桐等主张招抚义和团，抗击列强；而奕匡、王文韶、刘坤一、张之洞、袁世凯等中央大员和地方督抚则主张镇压义和团，避免列强的武装侵略。慈禧在这一问题上摇摆不定，最终在一系列事件的推动下做出了决定。
五月二十日至二十三日，慈禧连续召开了四次御前会议，讨论剿抚和战的问题。在第一次会议上，太常寺卿袁昶认为义和团是乱民，不可信赖。慈禧反驳说，今日中国积弱已极，所倚仗的只有民心。如果失去民心，国家将无法立足。
五月二十一日，江苏粮道罗嘉杰的儿子面见荣禄，带来了一份据称是洋人照会的情报，内容涉及对中国皇帝的居住地、代收钱粮、代掌兵权以及勒令皇太后归政的要求。荣禄将这份情报呈给慈禧，慈禧看后悲愤交加，决心向列强宣战。当晚，慈禧在仪鸾殿召开第二次御前会议，宣读了洋人照会的部分内容，并表达了“一战而亡”的决心。会上诸臣纷纷表示愿效死力，载漪、溥良等更是极力主战。
五月二十二日，慈禧召开第三次御前会议，继续讨论和战问题。二十三日，慈禧得知罗嘉杰提供的情报是伪造的。然而，法国驻天津总领事杜士兰关于各国水师提督、统领要求清军于二十一日凌晨两点交出大沽口各炮台的照会，已由直隶总督裕禄奏报清廷。慈禧得知这一消息时，大沽口炮台早已落入联军手中。当天下午，慈禧在仪鸾殿召开第四次御前会议，决定正式向列强宣战，并命令许景澄等人通知各国使臣在二十四小时内离开北京。
五月二十四日，慈禧以光绪帝的名义发布宣战诏书，并改变了对义和团的方针，由剿灭改为招抚。为了加强对义和团的控制，慈禧派庄亲王载勋、刚毅统率京、津一带义和团，并派英年、载澜协同办理。
然而，慈禧的这一决定遭到了以刘坤一、张之洞为首的地方督抚的反对。他们联名电奏清廷，力主剿团乞和，并与列强订立条约，实行“东南互保”。在地方督抚的反对下，慈禧的决心开始动摇。五月二十九日，她电谕李鸿章、李秉衡、刘坤一、张之洞等沿海沿江各督抚，说明此次宣战并非“衅自我开”。当天下午，慈禧命荣禄前往使馆慰问各国使臣，并在北御河桥竖立木牌，表明“钦奉懿旨，力护使馆”。
六月初三日，慈禧在给各驻外使臣的谕旨中，虽然仍坚称此次兵端并非“衅自我开”，但将义和团从“义民”改称为“乱民”，并表示将设法惩办“乱民”。
在帝国主义列强的进攻面前，慈禧一方面继续坚持“断无即行议和之势”，要求各省将军督抚“务将和之一字先行扫除于胸中”，认真布置战守事宜。另一方面，她却分别致国书于俄国、英国、日本三国君主，请他们出面“排难解纷”。紧接着，慈禧调两广总督李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，为与列强谈判做准备。尽管慈禧仍然利用义和团，但她在此之前已经下令，对那些“结党成群，肆意仇杀”的义和团成员按照土匪章程惩办。
随着战局的发展，天津于六月十八日失陷。六月二十一日，慈禧分别致国书于德皇和美、法两国总统，请求他们“设法维持，执牛耳以挽回时局”。同时，慈禧下令荣禄停止攻打使馆，并令总理衙门给各使馆送去食物。然而，联军并没有停止进攻的步伐。七月十八日，八国联军攻陷通州，二十日进入北京。
七月二十一日凌晨，慈禧在仓皇中装扮成民间妇女，带着光绪帝、皇后、瑾妃、大阿哥及王公大臣十二三人，在两千余名兵勇的护卫下出逃。在出逃前，慈禧下令将请求让光绪帝留京的珍妃投入乐寿堂后的井中，并指定奕匡和李鸿章为全权大臣与帝国主义进行谈判。
八月十四日，慈禧一行到达山西崞县，正式发布谕旨，将义和团视为肇祸之由，并表示“非痛加除不可”。她试图将责任推给义和团，以此换取侵略者的谅解。然而，各国使臣要求慈禧归政，并惩处支持义和团的王公大臣，同时要求慈禧和光绪帝早日回銮。在侵略者的压力下，慈禧于闰八月初二日发布上谕，惩处了载勋、溥静、载濂、载滢、载漪、载澜、英年、刚毅、赵舒翘等主战或支持义和团的大臣。但对于回銮一事，慈禧不愿意回到北京，因为这意味着光绪帝可能会恢复自由，行使皇帝的权力，而她则不能再干预国政。因此，慈禧不仅不回銮，反而继续向西行进，于闰八月初八日离开太原，前往西安。
经过几个月的反复交涉，参与武装侵略的国家增加了比利时、西班牙和荷兰，共同拟定了“议和大纲”十二条草案。十一月初一日，奕匡、李鸿章从美国使馆抄得这份“议和大纲”，立即电告军机处，转呈慈禧。慈禧得知没有将她列为祸首，也没有要求她归政光绪帝，如释重负，当天就电复奕匡、李鸿章，原则上同意“议和大纲”。
光绪二十六年十二月二十六日（1901年2月14日），慈禧发布上谕，表示要“量中华之物力，结与国之欢心”。为了尽快达成和议，慈禧接受了帝国主义的所有条件。光绪二十七年七月二十五日（1901年9月7日），奕匡、李鸿章代表清廷与十一个帝国主义国家签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
光绪二十七年（1901年）八月二十四日，慈禧自西安行宫启程，取道河南、直隶回京，在开封度过了她的六十七岁生日。十一月二十八日（1902年1月7日），慈禧回到北京，结束了她一年零五个月的流亡生活。
七、风雨飘摇
庚子事件对慈禧的打击极大，她曾对侍臣表示：“吾不意乃为帝笑！”为了挽回颜面，讨好帝国主义，欺骗民众，并抵制革命，慈禧在西逃途中就开始以光绪帝的名义下诏罪己，并求直言。到达西安后，慈禧又下诏变法，试图通过改革来稳固统治。
光绪二十八年（1902年）三月，清廷谕令设立督办政务处，作为筹办“新政”的机关，任命奕匡、李鸿章、昆冈、荣禄、王文韶、鹿传霖为督办政务大臣，刘坤一、张之洞遥为参与。根据刘坤一、张之洞等人的建议，清廷陆续实行了一些新政措施，如废科举、兴学校、派遣留学生、鼓励农工商业、编练新军、调整一些政府机构等。然而，这些改革并没有超出戊戌变法的范围，且在资产阶级领导的革命运动迅速发展的背景下，局部的缓慢改良已不足以解决问题。慈禧也不得不承认，尽管“朝廷屡下明诏，力图变法，锐意振兴”，但“数年以来，规模虽具，而实效未彰”。
面对日益高涨的革命运动，统治阶级中的一些有识之士建议慈禧对封建政体进行改革，仿效英、德、日本等国实行立宪政体，以保全“宗社”。这些呼吁来自汉族官僚如孙宝琦、岑春煊、张之洞等，也有慈禧所信赖的满人官僚如端方等。经过反复斟酌，慈禧认为与其被动接受革命，不如主动接受立宪。特别是在日俄战争中日本大获全胜，而日本所奉行的正是立宪政体，这更加促使慈禧倾向于立宪。
光绪三十一年（1905年）六月，慈禧选派载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英等五大臣分赴东西洋各国考察政治。次年五月，载泽等先后回国，奏请宣布立宪。载泽在密折中提到立宪有三大好处：一是皇位永固，二是外患渐轻，三是内乱可弭。经过激烈的争论，慈禧于七月十三日发布了“仿行宪政”的上谕。然而，立宪的原则是“大权统于朝廷，庶政公诸舆论”，实际上是借立宪之名行专制之实，并以“目前规制未备，民智未开”为借口，未宣布实行立宪的时间。为了拉拢立宪派，共同对付革命党人，慈禧于光绪三十四年八月一日（1908年8月27日）颁布《钦定宪法大纲》，并宣布预备立宪以九年为期。
自辛丑回銮后，清廷面临着严重的内外挑战。一方面，面对京津及东北地区列强迫在眉睫的威胁，清廷重用和扶植手握重兵、精明强干、善于外交的袁世凯，加强北洋的军备和实力，以拱卫京畿。另一方面，对内则必须尽快重树权威，扭转因庚子西狩、东南互保而加剧的“外重内轻，令出不行”的状况，有必要对东南互保的抗旨势力有所裁抑。为了加速练兵和推行新政，也必须加强对南洋财赋之区的控制。清廷为贯彻这一政策，开始扶植慈禧、荣禄倚信的袁世凯，加强对江南的控制。袁世凯借此强势南下，干涉南洋地区的人事，控制南洋的财赋和军备，将北洋势力和北洋模式向南洋扩张。南洋的湘系势力试图反抗，却遭受重挫，南北派系的平衡被打破，矛盾愈发尖锐。
在朝堂上，以湘人军机大臣瞿鸿禨为首的清流派与以袁世凯为首的北洋派之间展开了激烈政斗。最终，袁世凯联合其后台奕匡取胜。慈禧贬斥瞿鸿禨、岑春煊等清流派官僚，看似是在支持北洋派，实际上是为了大力扶植满洲亲贵势力以牵制北洋派，这也导致了宣统年间亲贵集权的局面。
清廷宣布立宪，但只是一纸空文，难以平息日益猛烈的立宪风潮。此时，清朝的统治已处于风雨飘摇之中，慈禧“万几待理，心力俱殚”。光绪三十四年（1908年）夏天，慈禧身体不适，到九月出现了腹泻症状。十月十日，她在西苑度过了她的七十四岁生日。由于举行庆典，活动过多，其病情继续恶化。十四日，出现头痛目倦、烦躁不安、口渴舌干、咳嗽等症状。次日，又出现周身疼痛、面目浮肿的症状。
八、尽享哀荣
光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光绪帝在瀛台涵元殿驾崩，享年仅三十八岁。关于光绪帝之死的具体原因，历史上存在多种说法，但无论真相如何，光绪帝的去世给清朝统治带来了巨大冲击。
在光绪帝去世的消息传出后，军机大臣、内务府大臣等急忙来到福昌殿见慈禧。由于光绪帝无嗣，慈禧根据此前的决定，将醇亲王载沣之子、年仅三岁的溥仪立为皇位继承人，年号宣统，继承同治帝、兼祧光绪帝。慈禧被尊为太皇太后，仿照顺治朝的故事，授载沣为摄政王，负责处理一切军国政事，但所有事务都需要秉承慈禧的“训示”来裁度施行。
此时，慈禧自知生命垂危，便告诉诸臣：“大行皇帝大事办妥，……速为予料理后事。”次日，即光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日）下午2时左右，慈禧在中南海仪鸾殿病逝，享年七十四岁。慈禧临终时留下了遗言：“此后，女人不可预闻国政。此与本朝家法相违，必须严加限制。尤须严防，不得令太监擅权。明末之事，可为殷鉴！”这番话体现了慈禧对清朝未来政治走向的担忧，以及她对自己长期执政的反思。
慈禧的丧礼按照清朝历代皇帝的规格举行，极为隆重。宣统元年（1909年）正月二十二日，清廷为慈禧定谥号为“孝钦慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙配天兴圣显皇后”，这是清代帝后谥号中最长的一个，简称“孝钦显皇后”。其中主谥“钦”，满文作“kobton”，谥法中称“威德悉备曰钦”，意指慈禧生前的威严和德行得到了广泛的认可。
同年十月初四，慈禧被葬于河北省遵化市菩陀峪定东陵。这座陵寝位于清东陵区域内，与乾隆帝的裕陵、咸丰帝的定陵、同治帝的惠陵相邻，显示了慈禧在清朝历史上的重要地位。
