尽管巴斯德在科学研究上取得了巨大成功，但他的个人生活却充满了悲痛。从1859年到1865年间，他失去了四位亲人——父亲、两个女儿和一个儿子。这些打击令他悲痛欲绝，但并没有动摇他对科学的执着追求。他继续投入到科学研究中，希望通过自己的努力为人类带来更多的福祉。
1867年5月，巴斯德的辛勤工作终于得到了国际社会的认可。在“万国博览会”中，他因为低温灭菌法（即巴氏消毒法）所取得的成就而获得杰出奖。这一奖项不仅肯定了他的科学贡献，还使他被聘为索邦大学（Sorbonne University）的化学教授。巴斯德并没有对自己发明的巴氏消毒法申请专利，而是将其公开，他认为利用研究结果获利是学者的耻辱。
七、蚕医生
19世纪60年代，欧洲大陆的蚕卵普遍感染了一种严重的疾病，这对法国的蚕丝业造成了毁灭性的打击。全国三千六百个市长、议长及养蚕者纷纷上书上议院求助，政府因此成立了一个专门研究蚕病的委员会。巴斯德的老师杜马（J. b. dumas）担任委员会主席，他立即想到了巴斯德，希望他能解决这一棘手的问题。尽管巴斯德自认为对蚕一无所知，甚至连蚕的形态也不清楚，但在了解到法国每年因蚕病损失高达1亿法郎时，他毅然接受了这一任务。
1865年7月，巴斯德抵达了法国南部的养蚕重镇阿拉斯（Alais），开始亲身体验和研究蚕病。病蚕的身上长满了棕黑色的斑点，法国人称这种病为“胡椒病”。得了这种病的蚕，有的在孵化后不久就死亡，有的勉强活到第三龄或第四龄后也难逃一死。极少数的蚕虽然能够结茧，但钻出茧的蚕蛾往往残缺不全，它们的后代同样是病蚕。当地的养蚕人尝试了各种方法，但都无法治愈这种疾病。
巴斯德用显微镜仔细观察病蚕，发现了一种很小的、椭圆形的棕色微粒。他推测这些微粒可能是导致蚕病的元凶。为了验证这一假设，巴斯德进行了详细的实验。他将这种微粒刷在桑叶上，然后让健康的蚕食用这些桑叶。结果，这些健康的蚕立刻染上了“胡椒病”。这证明了这种微粒确实是传染源。
巴斯德进一步研究发现，这种微粒可以通过多种途径传播。他指出，放在蚕架上面格子里的蚕的病原微生物，可以通过落下的蚕粪传染给下面格子里的蚕。因此，他强调所有被感染的蚕及污染的桑叶必须销毁，必须用健康的桑蚕从头做起。
除了“胡椒病”，巴斯德还发现了一种细菌性软化病。这种病的病原体是一种寄生在蚕肠道里的细菌，会使整条蚕发黑死亡，尸体像气囊一样软，很容易腐烂。巴斯德告诉人们，消灭这种蚕病的方法其实很简单：通过检查淘汰病蛾，防止病害的蔓延，不使用病蛾的卵来孵化蚁蚕。这一方法迅速被养蚕人采纳，效果显着，挽救了法国的养蚕业。
八、啤酒
1870年，普法战争爆发，法国战败投降。面对普鲁士军队的暴行，巴斯德感到极度愤慨。他毅然将德国波昂大学颁发给他的医学博士学位证书退还，以示抗议。这场战争不仅毁坏了城市和学校，还使他的家乡被德国占领。在国家遭受苦难的时刻，巴斯德深感责任重大，他想，他还能做些什么来帮助自己的国家。
在这个关键时刻，意大利向巴斯德伸出了橄榄枝，愿意提供一栋住宅、一个实验室和丰厚的薪酬，邀请他前往意大利进行研究。然而，巴斯德坚决拒绝了这一邀请。他认为在国家受难之际，不能因为个人生活的舒适而离开苦难的故乡。他决定留在法国，用自己的科学知识为国家服务。
当时，法国的啤酒质量远不如德国，这不仅影响了法国的啤酒产业，也损害了国家的声誉。巴斯德决心改变这一现状。他携家带口前往法国南部的库列尔蒙，在那里的一家啤酒厂开始了啤酒防腐的研究。他从啤酒的酵母菌入手，发现啤酒变质的原因是由于混入了其他细菌。这些细菌在发酵过程中产生了有害物质，导致啤酒变酸或变味。
巴斯德通过一系列实验，找到了一种有效的方法来防止啤酒变质。他发现，只要将啤酒加热到50-60摄氏度，保持半小时，就可以杀死其中的有害细菌，而不破坏啤酒的品质。这一方法后来被称为“巴斯德杀菌法”（pasteurization），也称为低温灭菌法。通过这一方法，法国的啤酒质量得到了显着提高，甚至超过了德国的啤酒。这一成就不仅为法国啤酒产业带来了巨大的经济效益，还提升了法国的国际声誉。
在研究啤酒的过程中，巴斯德逐渐意识到微生物在许多疾病中的作用。1873年，他50岁时，被选为医学科学院的院士（Académie de médecine）。当时的医学非常落后，施行的外科手术常常导致患者因败血症而死亡。医生约瑟夫·李斯特（Joseph Lister）怀疑伤口化脓与空气中的微生物有关，他邀请巴斯德共同研究这一问题。
巴斯德用实验证明，传染病和化脓症的真正原因是微生物。他建议将外科手术器具放在火焰上烧灼，以杀灭微生物。尽管这一建议在今天看来是常识，但在当时却遭到了许多医生的反对。大多数医生仍然不相信巴斯德的学说，认为这不过是无稽之谈。然而，随着时间的推移，巴斯德的理论逐渐被科学界接受，并成为现代医学的基础。
1876年9月，巴斯德代表法国出席在意大利米兰举行的国际养蚕大会。他在会上详细介绍了自己在蚕病和酵母菌研究中的成果，得到了大会的一致肯定。这次会议不仅提升了巴斯德的国际声誉，还为法国的蚕丝业带来了新的希望。
回国后，巴斯德拖着不太灵便的病体，又开始对炭疽病的研究。炭疽病是一种严重的传染病，不仅危害牲畜，也对人类构成威胁。巴斯德通过实验发现，炭疽病的病原体是一种细菌，他成功地制备了减毒的炭疽杆菌疫苗，为防治炭疽病提供了有效的手段。
九、炭疽病
1877年，法国东部地区爆发了严重的炭疽病疫情。炭疽病主要感染牛、羊等牲畜，偶尔也会感染人类。人类感染炭疽病通常表现为皮肤性炭疽病，感染部位会出现1-3厘米直径的无痛溃疡，中央有黑色坏死的焦痂，因此得名“炭疽病”。这一疫情不仅给农民带来了巨大的经济损失，还严重威胁了公共健康。当时，巴斯德已经是索邦大学的教授，他在调查鸡霍乱时偶然发现，与空气接触的旧培养菌的毒性会变弱。这一发现给了他灵感，他认为这种减毒的细菌可能具有免疫作用，可以用来解决法国正在流行的炭疽病。
巴斯德决定进行实验，验证这一假设。他从感染炭疽病并已死亡的动物身上抽取细菌，并在试管中培养这些细菌，使它们的毒性逐渐减弱。然后，他将这些毒性减弱的细菌注射到健康动物的体内。几周后，他又将毒性强的炭疽病菌注射到同一只动物体内。结果令人惊喜：这只动物没有患病，而与它同群的其他动物中有不少因感染炭疽病而死亡。这一实验结果证明，注射过减毒细菌的动物获得了抵抗炭疽病的能力。
尽管巴斯德的实验取得了初步成功，但许多人仍然对其理论持怀疑态度。为了进一步证明自己的观点，巴斯德决定举行一次公开实验。1881年，他选择了50只健康的羊作为实验对象。他将25只羊注射了减毒的炭疽病菌，两周后再将全部50只羊注射了毒性强的炭疽病菌。巴斯德向观众预测说：“起初注射减毒炭疽病菌的25只羊不会生病，而另外25只没有注射减毒炭疽病菌的羊将会死亡。”
两天后，一群观众聚集在草原上观看实验结果。结果正如巴斯德所预测的那样，注射过减毒炭疽病菌的25只羊安然无恙，而另外25只羊则因感染炭疽病而死亡。这一公开实验的成功不仅证明了巴斯德的理论是正确的，还为防治炭疽病提供了有效的手段。巴斯德发明的预防注射方法，即通过注射减毒细菌来增强动物的免疫力，成功地打败了炭疽病。
1881年，巴斯德因这一贡献被授予杰出十字奖章，这是对他科学成就的高度认可。同年8月，巴斯德在国际医学会议上提出了关于鸡霍乱和炭疽疫苗的报告。与会代表用经久不息的掌声表达了对这位不知疲倦的科学家的衷心敬意。1882年，巴斯德被选为法国研究院院士（Académie Fran?aise），这是学者的最高荣誉。
十、狂犬病
狂犬病是一种极其可怕的传染病，人和家畜被病犬咬伤后，也会患上这种疾病。每年，狂犬病在法国夺走了数百人的生命。当时，医学界对狂犬病束手无策，既没有疫苗，也没有免疫球蛋白。为了应对狂犬病，人们采取了极端的措施，例如用烧红的铁棍烙烫伤口，认为火焰和高温可以净化一切，包括肉眼看不见的细菌。然而，这种原始且残酷的方法不仅无法治疗狂犬病，反而常常加速患者的死亡。
1880年底，一位兽医带着两只病犬来到巴斯德的实验室，请求帮助。巴斯德意识到，如果能够研发出狂犬疫苗，将对人类社会产生巨大的影响。他和助手们开始了一系列大胆且危险的实验。他们首先采集了狂犬的唾液，然后注射到健康犬只的脑中，这些健康犬只果然很快发病死亡。通过多次实验，巴斯德推断出狂犬病病毒主要集中在神经系统的脊髓中。
为了进一步研究，巴斯德从病死的兔子身上取出一小段脊髓，悬挂在无菌烧瓶中，使其干燥。他发现，未经干燥的脊髓极为致命，如果将脊髓研磨后与蒸馏水混合，注入健康犬只体内，狗会立即死亡。然而，将干燥后的脊髓与蒸馏水混合后注入狗的体内，狗却神奇地活了下来。巴斯德推断，干燥后的脊髓中的病毒已经死亡或变得非常微弱。基于这一发现，他将干燥的脊髓组织磨碎，加水制成疫苗，注射到犬只的脑中，然后让这些接种过疫苗的狗接触致命的病毒。经过反复实验，接种疫苗的狗即使脑中被注入狂犬病毒，也都没有发病。巴斯德高兴地宣布狂犬疫苗研发成功！
1885年，一位几乎绝望的母亲带着被狂犬咬伤的9岁小男孩约瑟芬（Joseph meister）来到巴斯德的实验室门口，恳求巴斯德救救她的孩子。当时，距离约瑟芬被狗咬伤已经四五天了。巴斯德深知这是一场赌博，但他决定冒险一试。在10天内，巴斯德连续给约瑟芬注射了十几针不同毒性的疫苗。每天晚上，巴斯德都彻夜不眠地等待结果。5天、10天、1个月过去了，约瑟芬奇迹般地恢复了健康，安然返回了家乡。这一消息迅速传开，国内外的患者纷纷涌向巴斯德的实验室，巴斯德和他的助手们日夜忙碌，为患者提供治疗。
长期的过度工作严重损害了巴斯德的健康。1887年10月23日上午，他因脑溢血发作，倒在写字台上，舌头麻痹，说不出话来。尽管如此，巴斯德仍然坚持工作。1888年，“巴斯德研究所”竣工，法国总统和各界人士出席了隆重的落成典礼。望着宽敞的实验室和先进的设备，巴斯德感到莫大的喜悦。尽管他无法言语，但他的心中充满了欣慰。
1895年，巴斯德迎来了70岁生日。法国举行了盛大的庆祝会，巴黎索邦大学的大礼堂座无虚席。约瑟夫·李斯特上前向巴斯德道贺，巴斯德由法国总统搀扶着走上主席台，受到了人们的敬仰。大会送给他一枚纪念章，上面刻着：“纪念巴斯德70岁生日，一个感谢你的法兰西，一个感谢你的人类。”
1895年9月28日，也就是他72岁时，他在亲友及学生的环绕中于维伦纽夫·勒伊丹（Villeneuve L’Etang）去世。
