而眼见水门离去，带土当即抓住这一千载难逢的机会将玖辛奈带离了密室。然后利用秘术将九尾从玖辛奈的体内抽出。
然后利用自己万花筒写轮眼的瞳术控制了九尾，将九尾暂时变成自己的通灵兽。
得逞之后的带土，在木叶村当中通灵出了九尾，并命令其摧毁木叶村。
因为漩涡一族的特殊体质，玖辛奈即使被从体内抽出了九尾也依然没有立刻死去。
此时腾出手的水门再次返回到玖辛奈身旁，并将她救到了鸣人的身边。然后便穿起了四代火影的战袍，誓要守护木叶。
而此时的木叶村内，三代正带领一众忍者抵抗九尾。
许多的忍者都在这一役当中牺牲，其中就有伊鲁卡的父母。
赶到战场的水门并没有第一时间对付尾兽，而是找到了幕后黑手带土。当然，他并不知道面具男就是带土这件事。
二人的战斗没有巨大的声势，但带土的神威虚化和四代目的飞雷神之术相互之间谁也奈何不了谁。
不过带土还是心急了。在四代的飞雷神苦无刚穿过他的头部的时候，就急不可耐的打算用手去接触水门。
打算将水门传送到神威空间，但没想到被水门抓住了他实体化的一瞬间。利用飞雷神二段+螺旋丸成功命中了他。
这时水门的主要目标还是解除带土对九尾的控制。而他也确实达到了这个目的。
带土眼见不敌水门，只得解除了瞳术。然后将自身传送进了神威空间，算是离开了这里。
收拾完这边之后，水门直接一个飞雷神返回到了村子里。
然后迅速通灵出蛤蟆文太暂时压制住了九尾。随即利用时空间忍术将九尾转移到了村子之外。
在将玖辛奈和鸣人接过来之后，水门试图利用封印术再次封印九尾。
但水门并非人柱力，身上并没有刻画封印尾兽的封印术。而他会的封印术当中能够奈何的了九尾的只有来自漩涡一族的尸鬼封禁。
不过这个封印术却是要以施术者的灵魂作为祭品献祭给死神才行。
然而，水门还是毅然决然地使用了尸鬼封尽。
他猜测到了带土未来一定还会给村子，甚至是整个忍界带来灾难。因此，他打算把一半的九尾封印到小鸣人的身体当中。
他相信，自己的儿子鸣人一定会成功控制九尾的查克拉，给整个忍界带来和平。尽管历代的九尾人柱力都没有成功做到过这件事。
之后，为了鸣人未来还能够成功的控制九尾，他还将自己和玖辛奈的一部分查克拉封印在了鸣人的身体里。以便在必要的时候助鸣人一臂之力。
但九尾显然不想再次被人封印。于是尽管有尸鬼封尽的锁链缠身，它还是打算当即就杀死鸣人。
一刹那间，作为父母的水门和玖辛奈用肉身挡在了小鸣人面前阻止了九尾。
水门趁着弥留之际将解开九尾封印的钥匙托妙木山的蛤蟆交给自来也。
就这样，濒临死亡的二人迎来了最后一段与小鸣人相处的时间。
