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刚开始她并不知道，后来是有几次博士叫错了，被她察觉，他们才告诉她真相。
她的直觉告诉她，组织不会放过她。
出于某种原因，她背叛了组织，大概率是因为姐姐的死亡，恐怕姐姐也是组织派人鲨害的，所以她应该是自己吃下了药物身体变小了，成功逃离了组织，在逃亡途中被雷劈中，导致失忆了。
组织现在没有杀她，不代表以后不会杀她，因为在组织眼里她就是个背叛者，她还记得莱娅说过那句，现在已经不需要你了。
但是现在组织早就知道她在哪里，她身边有哪些人也一清二楚，她被莱娅植入了芯片，如果被发现再次背叛组织，她会引爆芯片。
作为背叛者，她对组织只有恐惧，没有所谓的忠诚，臣服也是因为恐惧。
她该怎么办？她真的只能认命吗？任由组织宰割？江户川柯南，工藤新二，工藤新一，他会成为那颗银色子弹，击穿组织的心脏，将她从深渊拯救出来吗？
巴罗洛，虽然她之前一直同他汇报工藤新二的情况，但是后来，工藤新二“死亡”后，她上报完他死亡的消息，没有再收到任何指示，她就没有再做过汇报了，也不见组织或者巴罗洛来找她。
她没有告诉巴罗洛，工藤新二换了个身份又回来了，阿笠博士家的监听设备也在一次借着大扫除的名义，被拆除了。
也许是身体的记忆，她在学习化学上进度非常快，她心里虽然抵触又期待可以重新回归组织当科学家，这是目前对她来说最好的结局，但是她也清楚的知道，组织应该不会重新启用一个背叛过的研究员。
工藤新一在推理方面的天赋，让她莫名对他有所期待，期待他可以摧毁组织，在她未被组织抓回去时。
但是小孩子的力量太小了，几乎没有组织会和小孩子合作，即使是经常受柯南或者新二提示而破解案件的警视厅。
组织并不知道工藤新二是工藤新一的事，
来自异世界的变小的工藤新一，这个世界的工藤新一死于车祸，还是为了救工藤新二，真是戏剧性的结果。
如果她还记得药物的配置就好了，如果她能做出解毒剂就好了。
如果工藤新一可以恢复成原本的模样，他一定可以获得工藤夫妇的支持，工藤新一的能量一定比江户川柯南，工藤新二大很多很多。
除了工藤夫妇，只要工藤新一提出合作，想必能从警视厅或者曾经有过一点交集的FBI那里获得更多情报。
原本已经死亡甚至举办过葬礼的工藤新一复活，再找一个理由，类似为了查案，故意假装死亡，现在案件已经解决了，按照工藤夫妇的心软程度一定会配合。
当然，如果不可能摧毁组织，最终她还是会被组织带回去，她也希望不要连累到身边的人，希望阿笠博士，少年侦探团的孩子，毛利兰不要受到组织迫害。
江户川柯南在一年前被关进过少年院，关了近2个月，最终还是因为他年纪实在太小，加上他在少年院有帮助警官破案。
柯南被关进去那天，有一名搜查一课管理员官殉职，松本清长，警视厅的上司，报道是称管理官为了那起连环杀人案的犯人从而殉职的。
被放回来的柯南，告诉他们，松本管理官是组织的一员，他在东都铁塔的顶楼追杀柯南，后来琴酒开了直升机来接他，被柯南用足球踢的从飞机掉落摔死了，所以他才会被关进少年院。
即使他告诉了佐藤警官他们松本管理官有问题，但是比起顶头上司的命来说，一个小孩子加上一个连续鲨害了6人的连环杀人犯的说辞，根本很难让人信任这两个人。
灰原哀头皮发麻，警视厅的顶头上司是组织成员，那会不会还有其他高层也是组织的人？
她自从拿到录音带后，就一直努力的学习，并尝试制药。
如果能制作解毒剂，让工藤新一恢复原来的模样，要是可以和组织有一战之力就好了。
在外面的世界生活了那么久，让她非常眷恋，明明她没有记忆，但是她的内心深处，实实在在的抵触回到组织，不管是回去当研究员还是...实验t。
而佐藤那边曾经试着探寻组织的存在，她丝毫没有头绪，松本管理官为什么会是警视厅的内奸，他到底在透露消息给谁？为什么？目的是什么呢？
犯人也抓到了，证物也没有少，为什么他打算跟着飞机走呢？他是警视厅的顶头上司，即使柯南一个小孩子怀疑他有问题，也根本不可能有人敢查他，这太不合理了。
还是说其实柯南在撒谎，松本管理官是打算上飞机追查嫌疑人却被柯南以为是想逃走而用足球攻击了？
没有任何证据可以证明管理官有问题，但是却有2个警官人证证明柯南踢出的足球导致管理官失足摔死。
佐藤偷偷探查了很久，但是没有任何线索，她后来试着问柯南，但是柯南说他也不知道，怀疑管理官是内奸也是出于猜测，想诈他，没想到被直接攻击，但是并没有几个人相信柯南的话。
柯南后来还是瞒下了组织的事，佐藤警官还是不要知道比较好，就连松本管理官都是组织成员的话，她根本不会是组织的对手。
查不到线索的佐藤渐渐也被日益增多的案件搅的忙碌不已，没有什么多余的时间去追查没有任何头绪的神秘组织。
......
列车被铃木次郎吉要求直接开往目的地，回自己包间的世良真纯在走廊和那个带着口罩和针织帽一头黑色长发的高个子男人擦身而过，她瞳孔放大，在原地愣了一会，转身朝那个身影追去，“秀哥？！是你吗？你变回来了吗？”
男人转过身，那双一向泛着慑人冷意的绿色瞳孔和她对上视线，“真纯。”
“你是谁？你不是秀哥！”
“哼。”男人哼笑一声，掏出电击棒将世良电晕带回了自己所在的6车B室。
看来，巴罗洛失手了，赤井秀一看起来并没有死亡，当初巴罗洛说给赤井秀一喂下了APTX－4869，他们当时都以为雪莉研制的药只是个毒药，不成想这个药竟然已经有所成效了。
赤井秀一虽然在那次任务之后没有再出现过，后来康帝黑入档案查到赤井秀一已被FBI盖章死亡，但是死不见尸，赤井秀一是组织的大敌，必须百分百确保他死亡才行。
所以她才会假扮成赤井秀一上了这辆列车故意在走廊晃，在世良真纯的眼前出现，看她的反应。
变回来了吗？呵呵，赤井秀一也变小了？
那么被她亲口喂下毒药的赤井玛丽呢？
她抓了世良真纯，到时候再假扮成世良真纯到她居住的地方去查一下，说不定能一下子逮住赤井母子。
臭小子的任务成功率100％被打破了。
