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众议院为中央机构，分上下两个议院。
上议院常设议员五人，分别由上杉政虎、伊达晴宗、最上义守、大友宗麟、近卫前久出任。
下议院三十五人，大名二十五人，公卿十人。
二十五名出任议员的大名分别是岛津、佐竹、里见、尼子、毛利、葛西、浦上、赤松、筒井、畠山、织田、斯波、武田、井伊、小笠原、一条、相良、芦名、河野、山名、一色、土岐、姊小路、伊东、肝付。
十名公卿则是三条、二条、鹰司、九条、一条（京都一条）、今出川、飞鸟井、西园寺、花山院、三条西。
监察院的职责是监查百官，设院正一名，监察大使三人，并于各令制国分派监察使一人，监察地方。
第一任院正为京极高吉，监察大使三人为真田幸隆、明智光秀、沼田光和。
这四人是监察院的主官，总揽各地监察使。
这俩个是中央机构。
地方机构则保留原有令制国，所辖领地为整国或者多国的大名直接出任该国国守。
比如岛津氏为萨摩守、斯波氏为骏河守、土岐氏为美浓守等。
国守需入驻伏见城奉公，享有对领国的支配权，但领国的经营由守护负责。
像陆奥、出羽、播磨这种大名众多的领国，则另选他人出任权守。
权守没有领国的支配权，只享有一定的俸禄，也需留在京都奉公。
同时，京极高政将天下划分为九州府、西国府、中国府、近畿府、四国府、北陆府、东国府、关东府、奥羽府9个府，统归总督府直接管辖。
九州府管领为大友宗麟，西国府管领为尼子五郎兵卫，中国府管领为京极高景（此后中国府管领由京极家继承人出任），北陆府管领织田信长，东国府管领上坂宗信，关东府管领上杉政虎，奥羽府管领仙北公方足利政直，近畿府管领则由京极家亲蕃御三家大名轮流出任。
所谓御三家，为京极家亲蕃大名之首，分别是细川、土岐、尼子三家。
与历史上的德川幕府相似，在正式场合与书信中准许用京极苗字，且京极氏嫡流断嗣之时可从这三家选择继承人。
御三家之下有御三卿三人，由京极家三个谱代家老出任，分别是上坂宗信、矶野员昌、赤尾清纲。
当此三人平时负责协助京极家当主处理京极家内部事宜，参与管理京极家的直属领地。
当京极家当主为幼子继位之时，由御三家和御三卿六人共同辅佐，担任近畿管领的御三家当主为笔头家老。
除此之外，另有亲蕃大名10人，分别是伊势北畠、骏河斯波、远江井伊、仙北足利、镰仓足利、近江足利（足利义真）、丹波内藤、河内京极（京极高胜）、尾张京极（京极秀政）、越前京极（京极高吉）。
这十家大名享有“专领”，即所辖领地不需要向总督府交纳税金，只需在京极家当主生日之时缴纳献金即可。
军事上，京极家规定各大名领内只能按照每万石100人的标准维持常备足轻，且归属各地管领调配。
武士虽不在此列，但所有正式武士都必须在总督府登记造册。
超过一万人的军事调动必须请示总督府，非总督府命令他国军队不得擅入别国领土。
另外，大名家臣现有的知行地情况必须每年向总督府报备，没有总督府命令大名不能私下授予家臣知行地。
同时，总督府内部设立水军司、陆军司两个部门。
水军司所司伊丹雅胜，主管天下水军。
水军下辖：九州水军，基地为肥前松浦港。濑户内海水军，基地因岛、来岛、能岛。关东水军，基地安房国。北陆水军，基地轮岛凑。奥羽水军，基地凑城。
水军司本部位于堺港。
水军日常任务是清剿海盗，保证各航道的贸易通畅。此外也负责护送勘合贸易船队前往明朝进行贸易活动。
最后，便是重中之重的陆军司了。
