而圣唐大军一直未对新朝停止进攻，曾经一度攻入京都，黄巢军露宿霸上，调知官军不整，且诸军不相继，引兵还袭之，自诸门分入，大战长安中，宗楚、弘夫死，军士重负不能走，是以甚败，死者什八九。
这一次黄巢恨城民协助官军，于是纵兵屠杀，血流成河，谓之洗城，而黄巢未派大军追击唐军，让唐军有喘息机会。
逃往川地的僖宗反攻，九月，齐军将领朱温在同州与王重荣交战中，投降唐军，被圣唐廷任命，并赐名全忠。
而圣唐将军李克用部一万余人南下，齐军大将赵璋战死，华州、兰田相继失守。
黄巢不敌，撤出长安，逃入商山，沿途抛弃黄金珠宝，圣唐大军争宝竟不急追，后以齐将孟楷为先锋，攻逼蔡州，圣唐军守将秦宗权战败投降，之后围攻陈州，遭遇圣唐军将领赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城，齐将孟楷挺进豫州的途中，中俘牺牲。
黄巢闻知孟楷遇害，大怒，部队屯于溵水，掘堑五重，百道攻之，誓为孟楷报仇，圣唐大军在陈州附近的西华大败黄思邺，齐军退军故阳里，陈州之围遂解。
之后黄巢引兵向汴州行进，尚让以五千精锐直逼大梁，圣唐将军李克用率兵五万，自河中南渡，连败齐军于太康、汴河、王满渡。
黄巢只好转战鲁地，同年三月，朱温大败黄巢于王满渡，黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温；而黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘，时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，李克用军昼夜驰，粮尽不能得巢，乃还。
随后圣唐将军时溥派李师悦率兵万人，与降将尚让紧追其后，黄巢入泰山，圣唐将军时溥大将张友与尚让率之众掩捕黄巢。
黄巢攻打陈州失败之后，一路被圣唐军紧追，最后退到泰山狼虎谷，见大势已去，他对外孙林言道：“我本想为国讨伐奸贼，革新朝政，但功成而不退，以致失败。现在，我的脑袋不能便宜了别人，你拿去献给天子吧，还能图个富贵！”
林言不忍下手，黄巢毅然自刎，于是林言割了黄巢的首级，然后将黄巢的兄弟，妻子等人都杀了，准备去投降圣唐大军，但路上遇到一队野蛮的圣唐军队，他们将林言杀了，砍下其首级送给了圣唐军将领时溥。
由黄巢以及王仙芝所领导的起义军虽然被扑灭，但它搅动了圣唐的半壁江山，导致圣唐末期国力大衰。
而叛变圣唐农民起义军的朱温，被圣唐王廷赐名全忠，用以为将，朱温镇压义军，重兵在握，他以河南为中心，极力扩大势力，逐渐成了圣唐末期最大的割据势力。
朱温追杀黄巢残部，立了许多功劳，僖宗很高兴，对他多有嘉奖，但不久之后，年轻的僖宗莫名其妙就死了，僖宗一生大部分时间都在逃亡，不过却死在长安，当时他刚刚回到长安不久，在武德殿驾崩。
僖宗一死，朱温失了后台，开始被人欺负。
僖宗死的时候太年轻，仅有二子，还全部早夭，他驾崩后，宦官们拥立了他的弟弟为昭宗，僖宗当初宠幸宦官田令孜，但田令孜此时早已被杀，掌权的宦官是杨复恭、刘季述等人，但是他们不识时务，都以为天下还可以像当年那样，由宦官挟天子以令天下，殊不知时代早已经变了。
昭宗和僖宗全然不同，他一点都不喜欢宦官，一直想除掉这些人，但是他手上没有兵权，昭宗很有心机，故意挑唆杨复恭与干儿子杨守立反目，最后将他们二人都除掉了。
昭宗还想平定藩镇，他组建新军，又充分利用各藩镇之间的矛盾，取得了一些成绩，但是，此时李唐王朝气数已尽，他怎么努力都是白搭，后来禁军被藩镇击溃，唐朝的嫡系部队荡然无存，至此唐朝再也无力中兴了。
晚唐的皇帝中，并不都是昏庸之辈，昭宗和文宗、武宗、宣宗一样，都是有勇有谋有政治智慧的人，但是昭宗接手的摊子，实在是烂得掉底，就算太宗复生也填不了这么大的坑，不过昭宗也算是在力所能及的范围之内，做了他能做到的最大努力。
凤翔节度使李茂贞驻地离长安很近，而昭宗想利用朱温的力量对抗他，于是朱温和李茂贞狠狠对掐一场，起初李茂贞与宦官联手，挟持了昭宗，但是朱温很能打，围困凤翔一年多。
而李茂贞实在是打不过朱温，只好杀了宦官，将昭宗送出去，朱温这才撤军。
朱温带着昭宗返回长安，路上两人长谈了一番。
朱温问昭宗，为何天下落到这番地步？陛下并不糊涂，却为何无力治国？
昭宗不敢说藩镇的事，只好说宦官专权，掣肘为祸。
朱温说，此事很容易解决，于是，返回长安当天，将京城所有宦官全部抓起来关到内侍省，全部杀掉，一个不留。
朱温对昭宗说：“现在再也不会有宦官专权的事情发生了。”
昭宗沉默不语。
昭宗封朱温为三军副总司令，又封他为梁王，并赐了许多荣誉称号，还经常写诗送他，想以此笼络他的心，但是朱温根本不吃这一套，依然将其软禁，并且朱温对昭宗逼迫的越来越狠。
昭宗心知大势已去，大唐朝马上就要寿终正寝了，但是，他毫无办法。
正月，昭宗车驾过华州之时，百姓在路边呼万岁，昭宗赶紧叫人停车，亲自去对百姓们说：“别叫我万岁，我早就不是天下之主了！我现在四处漂泊，将来不知道会死在哪里呢？”
八月十一日夜，朱温的手下忽然闯宫，昭宗当时心知不妙，从床上爬起，穿睡衣躲在柱子后面，但被搜出杀死。
昭宗死后，朱温立昭宗儿子为帝，即哀帝，不久之后，星历９０７０年，朱温通过禅让的形式，夺取了哀帝的帝位，代圣唐称帝，建国号金，改年号为开平。
