再加上秦军补给线要从彭城到淮阴走水路中转，此时因为季节导致邗沟水文变化，后方军粮供应也出了问题，秦军占据彭城后，彭超所命留守兖州治中徐褒，已经为此事传信来报。
谢玄此前撤回广陵时，将沿途本就人烟稀少的聚落尽数征召、迁徙，而秦军因苻坚严令禁止屠城、劫掠，近十万大军征伐敌国，由于进军过快，事先准备的船只和民夫数量都不足，后勤运力已经跟不上了，哪怕稍有些许挫败，都可能在数万人的大营中引发连锁反应。
三阿城下，彭超再次选择了保守，就如之前在彭城围攻戴逯时那般，下令围城的秦军后撤。
而何谦则是趁着秦军没反应过来，利用信息差，成功将搭载援军、器械、粮秣的船队送入水门，值得一提的是，进入三阿的援军将领就是有过被围经验的戴逯。
随后，何谦率本部人马借着夏季的急流，由水路迅速撤向白马，与谢玄的主力会合。
几个月前在彭城为戴逯解围，谢玄就通过彭超的反应，敏锐的察觉到对方心理，以及临阵时的用兵特点，这次仍派何谦护送戴逯进入三阿，既是救援田洛，也是挑动彭超的心态，充当诱饵。除非彭超在受激后还能忍耐，就此退兵，否则无论猛攻三阿，还是调兵追击何谦，都是落入谢玄算计。
由于三阿晋军得到增援，秦军此前的围攻算是白费了力气，士气随之低落，再继续围攻也是难度大增。
于是，金俱难再次劝彭超就此退兵，话语中也不怎么讲究礼仪了，以襄阳战事已经结束为由，而秦军在东线饮马江北，已经超额达成任务，毫不让步。
而此时的彭超，指挥心理为谢玄窥破，又被刻意激怒，已经是强行忍耐着，告诫自己不要因怒兴兵了。
金俱难规劝时，所提及的理由，彭超也认同，可其措辞却十分强硬，还总是以苻坚的上命来压人，每次议事时更当着下级将领评议他这个主帅的过失，一点面子都不给，经常让他下不来台。
双方早就有过节，彭超这下再难抑制怒火，加上灭国之功的诱惑，于是他拒绝退兵，与金俱难针锋相对，不管对方说什么他都反对，完全听不进去。
其他高级将领中，毛当、毛盛、王显都是矮一辈的后起之秀，毛当、毛盛在三人中年纪稍长，又是同族，一起领兵去了堂邑。邵保文武兼备，为人持重，资历也够，倒是能从中说和，却又留守在淮阴，戍卫屯粮之地，这是入夏后秦军为应对水文变化而构建的前沿枢纽。
至于王显，因为太过年轻，介入主帅与高级将领的冲突，帮谁都为难。王显出身京兆王氏，其妻是吕德世长女，在王、吕两家资源加成下，入仕起点也高，此时不过二十二岁，已经执掌中兵强弩营，以他的官职、家世，履历也不需要再“镀金”，虽未表明态度，可心中却是倾向自淮南撤兵。
王显学识不俗，曾为苻坚侍从，轮值禁中顾问左右，统军练兵也有家传，颇受信重，绝非草包。只是限于年纪，缺少实战经验，此番领军外征参与攻打襄阳，随后支援东线战场，都是在家族亲故提携下，按部就班的经受历练。
六月底，金俱难劝阻无效，又逢谢玄进据白马，顺风顺水运用火船，截断秦军来自淮阴的漕运补给，彭超一面派信使联络留守淮阴的邵保，将军粮改运至盱眙，再往三阿中转，一面却因为两军人数对比陷入犹豫。
秦军在三阿自彭超、金俱难等将领以下约六万人，但实际上来自中兵、镇兵的精锐十分有限，如来自长安中兵的王显，虽然麾下七、八千人，但核心战力只有强弩营二千余人，其余都是征召的军户兵，以及随军的营户兵。出征时，军中只需为这些人供给粮、盐，偶尔发放衣装，兵器、甲胄、马匹都需自备，由于大多数都是贫户，不少人都是扛根杉篙一类的长杆来应役，只能打打顺风仗，一旦陷入困境往往引发营啸，堂邑惊溃的四万晋军亦是如此。
白马的谢玄所部晋军有三万余，其中北府军骨干的流民帅军队约两万人，这些人平时屯戍的地方就在江北，可以说是切身利益所在，不得不拼命，加上谢安掌权后，不吝高官厚禄，钱粮、甲械也大开方便之门，优先给予补充，除了缺少战马以外，士卒的平均战力略高于秦军，剩下万余人则是挑选自各部溃军的精壮，接受北府军整编后，皆有雪耻之志。另外还有两万左右羸兵，留守在广陵及北上途中的各处堰坝，进行休整的同时也预防万一，要是北府军战败，就能在接应撤退后立即执行毁废任务，令秦军无法利用水路追击。
由于秦军之前分兵，集中两万骑卒急袭堂邑，此时在三阿的主力没有足够的骑兵，无法进行有效的遮蔽和压制，迫使晋军进入己方预设的战场，三阿秦军虽然人数占优，反而陷入被动。
金俱难部将，骑督、后军司马都颜，所部千余临时凑集的骑卒，最先与晋军接触。前往白马观晋军兵势并企图袭扰、迟滞，途中与北上会合谢玄的何谦遭遇，在白马塘以西被水陆两面截击，当场阵亡。
骑督为魏晋时统率骑兵的中级军官，中、外兵各军之中大多都设有此职，相当于品秩中下的杂号将军。东汉末年，孙坚讨伐董卓，董卓以胡轸为大督护、吕布为骑督，统兵攻打。三国时，成济与兄长成倅受司马昭心腹贾充指使，刺死魏帝曹髦，成倅当时的职位就是骑督。
晋军小胜，士气提振，谢玄又通过俘虏，确认秦军没有大部骑兵配合，并得知秦军乏粮，于是改变计划，全军攻向三阿，与守城的田洛、戴逯内外合击，形成反包围。
秦军方面，金俱难又一次提议退兵，可彭超仍是犹豫不决，他寄望于留守淮阴的邵保，成功向盱眙转运军粮，以及毛当、毛盛所率二万骑兵能够及时回援，从而扭转战局。
可谢玄的三万人，配合田洛、戴逯的两万人，秦军的兵力优势已经不明显，而彭超面临两面夹攻，至七月初，仅仅坚持了不到十日，就因断粮导致全军崩溃。
秦军重新组织后，随即退往盱眙就粮，谢玄会合田洛，紧跟着进抵石梁，东北方向是三阿，西北方向则是盱眙。
石梁城在商周时古名卑梁，春秋时为吴国边邑，东晋时城池建于商代古城遗址之上，地处石梁溪南岸，下游向东连接樊梁溪，汇入樊梁湖。
谢玄不给秦军喘息之机，与田洛、戴逯合兵，率五万晋军进攻盱眙。彭超为了保护退路和漕运，被迫迎战，秦、晋两军在城北君川交战。
彭超跑路到盱眙时，已经不再存有侥幸，决意撤军，于是以适应邗沟较浅航道的一种平底舫船，并列作为桥梁，迅速架设临时浮桥，意图退往淮北。
却为谢玄察觉，以参军刘牢之率军自水面突击，一举烧毁浮桥，直击要害，秦军士卒因后路再次被断，兵无战心，心中惊惧，争相逃亡，而来自淮阴的运粮船队，失去接应后也被谢玄督护诸葛侃、单父令李都领军破袭。
彭超、金俱难只得入破釜塘退往淮阴，秦军大败后，士卒争相登船，溺死者不计其数，六万大军连败之后已经折损近半。
晋军取得兵力优势后，谢玄反而没有急于在水面上以快船追击，只是下令缓缓尾随，集结各部调整攻击次序。
秦军留守在淮阴的邵保，在派往三阿、盱眙的运粮部队接连损失后，所部兵力不足五千，接应彭超、金俱难等部败兵后，士气如传染一般，也变得人心惶惶。
这种情形下，秦军由于船只运力不足，彭超等人认为分批摆渡撤退，极易引发营啸，于是在淮阴再次并船修筑浮桥。
秦军此时一心想着撤回淮北，毫不遮掩意图，很快就被晋军侦查得知，并派出小股水军拖延建造进度。
短短几天后，此时已经是七月中旬，趁着淮水夜间大潮，谢玄以何谦、诸葛侃为将，率晋军水师船队发起火攻，秦军被迫接战，天时、地利、人和一样不占，浮桥被毁，逃生无路。
仅王显因为家学渊源，精通天文，提前设防，率本部二千强弩营精锐溃围后，护着几乎只身逃出的彭超、金俱难登船，退至淮北，秦军余众约四万人一夜尽没，邵保也在乱军中被何谦麾下士兵杀死。
败讯传出后，毛当、毛盛随即率军北归，晋军骑兵稀缺，无力拦截，只得乘船望尘目送。
彭超、金俱难回到淮北后，分别上表长安，作出陈述，因屡劝不听金俱难自觉不忿，一并告发彭超指挥失当。苻坚获悉经过后，罕见的在朝会上发了火，即刻下令以槛车押送彭超还都，下廷尉狱，同时削去金俱难官爵，贬为庶民。
彭超不欲受槛车入京之辱，于彭城待罪时，自尽于狱中。三年前，彭超任兖州刺史之初，曾在濮阳城南，为邓艾庙立碑，立志效仿其灭蜀一般灭晋，最后却落得相似的下场，至死仍心中不甘。
前燕灭亡后，范阳涿县人郦瑛作为降官仕秦，吕光在洛阳收捕据城兵谏的苻重后不久，奉命入蜀平李乌之乱，郦瑛也由苻洛麾下被调任为蜀郡太守，其子郦绍在淝水之战后，跟从慕容垂，为后燕濮阳太守，郦绍的曾孙郦道元作《水经注》时，就记载了彭超于邓艾庙立碑一事。
