在处理内部事务的同时，袁崇焕也未放弃与后金的外交沟通，尽管他恢复了与皇太极的通信，但仍保持了战略上的警惕，既不完全关闭议和之门，也不放松军事准备。然而，随着时间的推移，袁崇焕并未能迅速实现“五年复辽”的目标，这引起了朝中一些官员的质疑，尤其是毛羽健的质询，要求袁崇焕就其战略规划作出解释。面对质疑，袁崇焕再次强调自己不会空谈恢复，而是将实际行动作为回应。
六、杀毛文龙
袁崇焕上任督师后，面临的另一个重大挑战是如何处理与东江总兵毛文龙的关系。毛文龙自天启元年起，以朝鲜半岛的皮岛为根据地，建立了一条海上防线，对后金构成了不小的威胁，但也因其独立性强，难以驾驭，而成为朝廷的一大隐忧。袁崇焕与毛文龙的矛盾，早在宁远之战后就已显现，袁崇焕主张将毛文龙的部队移至宁远附近，以便于控制。
在被任命为督师后，袁崇焕开始着手解决毛文龙的问题。他首先请求加强登莱海禁，改变东江运道，意图通过控制海运，切断毛文龙的物资和经济来源，迫使其服从。毛文龙对此强烈不满，双方矛盾进一步升级。在袁崇焕与毛文龙的几次会面中，毛文龙的傲慢和不服从，尤其是对袁崇焕提出的受节制及军务改革的抗拒，坚定了袁崇焕处决毛文龙的决心。
崇祯二年六月初，袁崇焕与毛文龙在双岛会面，袁崇焕借机宴请毛文龙，试图说服其主动辞职，但毛文龙的回应显示了他对自身价值的高度自信，拒绝了这一提议。在随后的对话中，毛文龙的态度愈发傲慢，袁崇焕最终决定采取行动。六月初五日，袁崇焕在设宴时突然发难，指控毛文龙犯有十二大罪状，包括专权、欺君、侵吞军饷等，当众宣读罪状后，袁崇焕下令处死毛文龙，执行者为赵可教、何麟图，使用的是袁崇焕持有的尚方宝剑。
毛文龙被处决后，袁崇焕迅速稳定了东江军的局势，将东江军分为四协，由毛承禄、徐敷奏、刘兴祚、陈继盛分别接管，并由陈继盛暂时统管东江镇。袁崇焕还亲自前往毛文龙灵前祭奠，表达了对毛文龙的私人敬意，同时安抚了军心。随后，袁崇焕前往旅顺，视察防务，确保东江镇的平稳过渡。
袁崇焕处决毛文龙的行动，虽然未经朝廷正式授权，但事后向崇祯帝请罪时，得到了皇帝的认可。崇祯帝认为毛文龙死有余辜，对袁崇焕的果断行动表示赞赏，这反映了皇帝对袁崇焕的信任以及对毛文龙问题的重视。这一事件，虽然解决了朝廷对毛文龙的长期忧虑，但也为袁崇焕后来的命运埋下了隐患，成为朝中部分官员攻击他的借口之一。
七、鏖战北京
在己巳之变中，袁崇焕面临着前所未有的挑战。皇太极率领后金军绕过袁崇焕重兵把守的关宁防线，利用蒙古哈剌慎部的引导，从明朝边防较为薄弱的蓟州长城突破，直逼北京。这一突如其来的军事行动，使得袁崇焕原先的防御部署变得捉襟见肘。
袁崇焕在接到后金军突破长城的警报后，立即采取行动，派遣赵率教出兵救援，但赵率教不幸阵亡。随后，袁崇焕亲自率军两万西援，试图阻止后金军的推进。然而，由于敌军行动迅速，袁崇焕未能及时抵达战场，遵化失守，蓟州明军溃败。
在紧急情况下，袁崇焕重新部署兵力，以确保京畿的安全。他命令昌平总兵尤世威保护皇陵，宣府总兵侯世禄防守三河，以防后金军向西挺进，而大同总兵满桂则负责护卫京师。袁崇焕本人则与祖大寿率领的关宁军留守蓟州，力图截击后金军。
皇太极率军向北京挺进，袁崇焕得知消息后，迅速追赶，最终于十一月十七日抵达北京城外。次日，袁崇焕的军队驻扎于左安门外的韦公寺，而皇太极的军队则驻扎于城外二十里的牧马场。
十一月二十日，后金军对北京城发起进攻，袁崇焕和祖大寿负责防守广渠门。战斗中，袁崇焕亲自上阵，英勇抗击后金军，甚至在战斗中险些丧命，但凭借坚固的盔甲幸免于难。明军与后金军激战至深夜，最终击退了敌军的进攻。在这场战斗中，袁崇焕的部队表现出了极高的战斗力和牺牲精神，成功守住了广渠门。
在接下来的日子里，袁崇焕继续与皇太极的军队对峙，多次击退后金军的进攻。尤其是在十一月二十七日和二十九日的战斗中，袁崇焕的军队再次展现出强大的战斗力，迫使后金军撤退。
八、下狱处死
袁崇焕在北京城外与后金军激战的同时，京城内却弥漫着对他的猜疑与误解。民间流传的谣言指责他“引敌胁和”，甚至有“杀了袁崇焕，鞑子走一半”的民谣，暗示袁崇焕与后金有勾结。这些谣言不仅在民间传播，甚至进入了宫廷，影响了崇祯帝的判断。加之，城外拥有田产的勋戚和大太监对袁崇焕的不满情绪，纷纷向崇祯帝告状，加剧了崇祯帝对袁崇焕的信任危机。
在一系列的召见中，袁崇焕试图解释自己的军事策略，但崇祯帝对他的请求入城休整的提议断然拒绝，显示出对袁崇焕的信任已经开始动摇。随后，崇祯帝对袁崇焕的不满进一步升级，尤其是在后金军在城下抢掠，而袁崇焕未能及时剿杀的情况下，崇祯帝对袁崇焕的疑虑达到了顶点。
十二月初一，崇祯帝以议饷为由再次召见袁崇焕，但在召对过程中，崇祯帝质问袁崇焕关于杀毛文龙和不能有效抵御后金的罪状，袁崇焕的回答未能消除崇祯帝的疑虑，反而导致了袁崇焕的当场被捕。这一举动震惊了朝野，袁崇焕的部下祖大寿闻讯后，率军东奔，引发了军心的动荡。在多方努力下，祖大寿最终听从了袁崇焕的亲笔信，返回听命。
袁崇焕被捕后，虽然一度获得了崇祯帝的宽宥，被移至刑部狱，并得到了一定的医疗照顾，但释放袁崇焕的呼声并未得到崇祯帝的响应。朝中一些官员，如温体仁和兵部尚书梁廷栋，极力主张将袁崇焕处死，并利用各种机会搜集证据，以证明袁崇焕的通敌罪行。
最终，在崇祯三年，袁崇焕被判处凌迟处死。在行刑前，崇祯帝宣布了袁崇焕的罪状，包括“市米资盗”、“谋款斩帅”、“纵奴入犯”等，尽管袁崇焕在受审过程中承认了一些事实，但他始终坚称自己的行动是为了国家的利益。行刑之日，袁崇焕遭受了极其残忍的刑罚，而京城的百姓在仇恨的驱使下，竟争相购买其被割下的肉，这一幕反映了当时社会对袁崇焕的误解和仇恨已经达到了极端的程度。
袁崇焕的家人和亲属也因此受到了牵连，被流放至偏远地区，命运凄惨。直到清朝中叶，袁崇焕的冤案才被平反，其英勇抗击外敌的形象逐渐被后世所认识和尊崇。
结语
袁崇焕的悲剧性结局，在当时引起了极大的震动，但真相往往需要时间来澄清。直到清代修纂《明史》时，才明确指出袁崇焕是死于皇太极的反间计，而非真的叛国。这一评价使得袁崇焕的形象在后世得到了重新审视，被视为明朝末年最杰出的军事家之一，一个忠贞不渝、英勇无畏的民族英雄。
袁崇焕的一生，是明朝衰落时期边疆防御的缩影，也是个人忠诚与牺牲的悲歌。他的故事提醒我们，历史的复杂性往往超乎想象，而对历史人物的公正评价，需要超越时代的局限，从更广阔的视角去理解和解读。
