清廷最初派遣闽浙总督佟佳·常青前往台湾镇压起义，但由于常青的镇压行动未能取得预期效果，起义军的声势反而越来越大，甚至一度包围了府城。面对这一局面，清廷不得不采取更加果断的措施。
乾隆五十二年（1787年）七月，乾隆帝改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察共同前往台湾平叛。福康安与海兰察率领大军渡过台湾海峡，于同年十一月抵达鹿仔港（今台湾彰化的鹿港），并在登陆后迅速展开行动。福康安选择从新埤进兵，首先向包围诸罗（今台湾嘉义）城的起义军发起进攻。
在仑仔顶的战斗中，起义军从竹林中出击，试图抵挡清军的攻势。福康安命令部队保持队形，自己则亲自率领精锐的巴图鲁侍卫冲锋陷阵，起义军最终被击败。随后，清军攻克了俾长等十余个村庄，迫使起义军撤退，解除了诸罗城的围困。福康安率军追击至大排竹，通过决溪引水的方式渡过军队，并焚烧了起义军的营地。凭借这一战，福康安扭转了战局，解除了诸罗城的危机，因此被封为一等嘉勇公，并获得了红宝石帽顶和四团龙补服作为奖励。
到了十二月，福康安继续指挥清军对起义军进行围剿。他率兵从内陆山区搜索至打铁寮等地，并分兵堵截海口及各个重要隘口，以防起义军逃窜。为了避免林爽文在追捕过程中自杀，福康安秘密派出十名巴图鲁侍卫和数百名士兵，乔装打扮后深入山林，最终在乾隆五十三年（1788年）正月，在老衢崎成功捕获了林爽文。
林爽文被捕后，福康安并没有放松警惕。同年二月，他继续督兵前往台湾南部，追剿起义军残部。福康安率领清军追击至台湾最南端的郎峤，并采取水陆并进的方式，最终在乾隆五十三年（1788年）俘获了南路起义军的首领庄大田。至此，台湾的起义军被彻底镇压下去。
在平定台湾林爽文起义之后，福康安因其在此次战役中的杰出表现，获得了清廷的高度评价和丰厚的奖赏。乾隆帝赐给他黄腰带和金黄珊瑚朝珠作为表彰，并下令在台湾郡城及嘉义县为福康安建立生祠，以示对他的敬仰和感谢。同时，乾隆帝还在紫光阁绘制了“平定台湾前二十功臣”的画像，福康安位列第四，仅次于大学士阿桂、钮祜禄·和珅和王杰，这表明了他在乾隆帝心中的重要地位。
乾隆帝还亲自作诗赞美福康安，诗中提到：“金川领兵，已着伟名。几处封疆，吏肃政成。解围擒逆，能人不能。崇封殊爵，嘉尔忠诚。”这充分表达了乾隆帝对福康安在金川之役和平定台湾起义中的英勇表现的肯定。
在处理台湾问题上，福康安不仅展现了他的军事才能，还表现出了卓越的政治智慧。他亲自考察了台湾的情况，并向乾隆帝上疏提出了处理台湾问题的十六项善后措施，其中包括强化军事训练、清除奸佞、整顿吏治、改革邮政等，旨在消除台湾再次发生民变的隐患。乾隆帝对福康安的建议一一采纳，并付诸实施。
乾隆五十三年（1788年）十一月，福康安被调任为闽浙总督。然而，就在次年（1789年）正月，由于两广总督孙士毅在安南（今越南）的军事行动中失利，未能成功扶持后黎朝的黎维祁，乾隆帝决定调派福康安为两广总督，负责处理安南事务。
福康安于乾隆五十四年（1789年）二月抵达兴化府，并提出了通过军事威慑迫使西山朝的阮惠畏惧清军实力，进而请求和谈的战略。这一策略得到了乾隆帝的高度认可。到了三月，福康安到达镇南关（今友谊关），在阮惠多次请求投降的情况下，清廷最终决定停止军事行动，接受对方的投降。
然而，在这段时间内，福康安也遭遇了一些波折。和珅之弟、巡漕御史钮祜禄·和琳参奏湖北按察使李天培，指控其利用湖广粮船私运木材。调查过程中，发现福康安曾致信索取木材的事实。乾隆帝对此事非常重视，命令福康安自我检讨，并处罚他三年的总督养廉银，另外加上十年的公俸，虽然福康安被革职留任，但很快乾隆帝便减免了这一处罚，显示出乾隆帝对福康安的宽容和信任。
六、驱廓保藏
乾隆五十三年（1788年），廓尔喀沙阿王朝因为不满西藏当局征收的贸易税过高，派兵入侵西藏边境。到了乾隆五十六年（1790年），廓尔喀再次兴兵，这一次直接侵犯了班禅额尔德尼驻锡的日喀则地区，造成了大量的破坏和抢劫。面对这一严峻形势，驻藏大臣保泰表现出了软弱的态度，甚至考虑将达赖喇嘛和班禅转移至青海避难。
清廷在得知这一情况后，迅速作出反应，决定派遣福康安为将军，与参赞大臣海兰察及福康安的堂兄富察·奎林一同率领两千索伦兵从西安出发，入藏迎击廓尔喀军队。九月二十九日，福康安从北京启程，经由山西、青海一路驰驿赴藏。尽管乾隆帝在十一月的谕旨中建议福康安改道以避开冬季的恶劣气候，福康安仍然坚持按照原计划从西宁入藏，认为军情紧急不容迟缓。
在这一过程中，福康安面临着重重困难。冬季的高原上，草木尚未生长，马匹疲惫不堪，粮食和军饷时常短缺。据记载，负责运输粮食的地方官员甚至在和珅的指示下，企图通过断粮的方式来让福康安的军队自行瓦解，但福康安快速的行军速度使得这一阴谋未能得逞。
十二月一日，福康安在西宁停留了四天之后，便轻装简从，带领部队从当噶尔东廓尔（今青海西宁西）一带启程入藏。尽管条件艰苦，福康安及其部队仍然克服了重重困难，于翌年（1791年）正月初三到达青藏边界，正月二十日抵达拉萨。这段行程全长四千六百里，福康安及其部队用了六十天的时间徒步穿越，其间经历了极寒天气和高原缺氧的考验，堪称历史上的壮举。
福康安抵达西藏后，乾隆帝命令他迅速出兵作战，不让廓尔喀军队有喘息的机会。此时，西藏已有军队一万六千余人，并且粮饷充足。福康安在各路人马到齐后，立即准备进剿。
乾隆五十七年（1791年）四月二十五日，福康安亲自前往绒辖（今西藏定结境内）和聂拉木（今属西藏）视察地形，并确定了进军路线。两天后，福康安从西藏南部边境的第哩浪古出发，五月六日到达擦木附近。擦木地区的地形复杂，两侧高山夹峙，中间有一条山梁，廓尔喀军队在山高处扎营，形成了易守难攻之势。
面对这一难题，福康安制定了周密的作战计划。他利用夜色作为掩护，将部队分成五队，其中两路深入敌寨左右山梁进行堵截，两路绕至敌后切断其退路，海兰察则率领一队正面进攻敌寨。福康安亲自督军往来截杀，指挥作战。次日凌晨，福康安率军登山，接近位于大河与山梁之间的两座石碉，摧毁了高达两丈的城垣，与敌军展开了激烈的肉搏战，最终攻克了这座防守坚固的碉寨，夺取了擦木
乾隆年间，清军与廓尔喀（今尼泊尔部分地区）的冲突，是一场关乎清朝边境安宁与领土完整的重大战役。起初，清军在福康安的率领下，迅速攻克了济咙，展现了强大的军事实力，不仅收复失地，还重创敌军，乾隆帝对此大加赞赏，赐物嘉奖。
然而，乾隆帝并未满足于现状，他深谋远虑，决定乘胜追击，直捣廓尔喀都城，以求彻底解决问题。福康安奉命深入敌境，面对崇山峻岭与恶劣环境，清军克服重重困难，连续攻克多处要塞，迫使廓尔喀国王求和。然而，福康安因轻敌冒进，在热索桥附近遭遇反击，损失惨重，加之环境恶劣，清军士气受挫。最终，在乾隆帝的谕旨下，福康安接受和议，结束了这场旷日持久的战争。
此役不仅彰显了清军的英勇善战，也体现了乾隆帝维护国家领土完整的坚定决心。福康安因功受赏，被实授武英殿大学士，并获得多项殊荣，其军事才能与智勇双全得到了乾隆帝的高度评价。
战后，福康安留在西藏，参与制定了《钦定藏内善后章程》，这一章程对于加强中央政府对西藏的管辖，促进民族团结，维护国家统一具有重要意义。
七、恩宠无二
乾隆五十八年（1793年），清廷收到了安南国王阮光平（即越南西山朝皇帝阮惠）去世的消息。乾隆帝担心这一变故可能导致安南国内发生内乱，便命令福康安前往广西进行防范。然而，就在福康安准备出发之际，他收到了母亲在京中病逝的消息。由于身处千里之外，且事务繁重无法脱身，福康安只能在任上守孝。在前往广西的途中，福康安自己也不幸染病。乾隆帝得知后，派遣御医前往诊治。福康安在病情好转后，以“安南无事”为由上疏请求返回京城，得到了乾隆帝的批准。乾隆帝不仅同意了他的请求，还加封他为忠锐嘉勇公，以表彰他的贡献。
不久之后，福康安被调任为四川总督。在此期间，他还率领金川土司入朝觐见。然而，由于在讨论吉林将军恒秀的罪责时，福康安认为判决过轻，遭到了乾隆帝的批评，认为他有偏袒亲友之嫌。尽管如此，福康安依然在政务上继续发挥重要作用，并再次被任命为云贵总督。在寒冷的冬季，乾隆帝特赐福康安御用的黑狐大腿褂，以示恩宠。
乾隆六十年（1795年）二月至三月间，乾隆帝调派福康安与四川总督和琳、湖广总督伊尔根觉罗·福宁共同率领七省兵力共计十余万人，分路镇压贵州苗民首领石柳邓、湖南石三保、吴半生等人领导的苗民起义。福康安率领大军北上，从贵州铜仁出发，向正大、松桃等地进攻，沿途展开了大规模的围剿行动。在短短不到两个月的时间里，福康安成功地镇压了贵州境内的苗民起义，石柳邓在被围困后逃往湖南寻求石三保的支持。
随后，福康安与和琳合兵一处，进入湘西地区，采取了剿抚并用的策略。九月，起义军首领吴半生被俘，到了十二月，另一位主要领导人吴八月也被捕。在这一系列的军事行动中，福康安不仅展现了其出色的军事指挥才能，还展示了他处理复杂局势的灵活性。
鉴于福康安在平定苗民起义中的杰出表现，乾隆帝决定破格封他为贝子。这是历史上第一次有非宗室成员在活着的时候被授予如此显赫的爵位
八、死后反复
福康安在湘西的战斗中，由于长时间跋涉在崎岖的山路上，加上持续不断的雾雨天气，以及高强度的作战压力，使得他身体逐渐不支，最终罹患了瘴病。尽管病魔缠身，福康安仍旧坚持督兵作战，展现出了他一贯的顽强作风。然而，积劳成疾终究让他无力支撑下去，嘉庆元年（1796年）五月，年仅四十二岁的福康安在军营中不幸病逝。
福康安的逝世震动了朝廷上下。嘉庆帝闻讯后，亲自写诗悼念这位英勇的将领。乾隆帝虽已退位成为太上皇，但对福康安的逝世同样感到痛惜，作诗表达哀悼之情：“自叹贤臣失，难禁悲泪收。深恩纵加赠，忠笃那能酬。”为了表彰福康安的功勋，他被追封为嘉勇郡王，并与父亲傅恒一起配享太庙，享受建立专祠的荣誉。当年十一月，福康安与和琳的灵柩被送回京城，乾隆帝亲自前往祭奠，表达了对这位功臣的深切怀念。
福康安去世后，其子富察·德麟继承了贝勒爵位。然而，福康安生前的行为却为他身后留下了阴影。据记载，福康安在军中时曾仗势聚敛财富，生活奢侈浪费。德麟在迎回福康安灵柩时，更是向沿途的地方官索要了大量白银，总计超过四万两。这种行为无疑触怒了朝廷，特别是新即位的嘉庆帝。
嘉庆帝亲政后，对德麟的行为进行了严厉谴责，并勒令他缴纳八万两白银输入宫中，以弥补其不当所得。到了嘉庆十三年（1808年），嘉庆帝再次对德麟采取了惩罚措施，借口将其由世袭贝勒降为贝子，进一步削弱了其家族的地位。
