八月三十日，后醍醐天皇遥授足利尊氏从二位。十月，后醍醐天皇派藏人头中院具光赴镰仓，催促足利尊氏返京。足利尊氏有意回京，但被足利直义阻止，于是他拒绝奉诏，并在源赖朝旧址开置府治，自署征夷将军东国管领，对诸将进行赏赐，笼络人心，甚至连北条氏的党羽也争相归附他。足利尊氏欲借后醍醐天皇之手除掉新田义贞，乃夺新田氏在东国的地邑，全部分配给部下。足利直义也秘密移书四方，招集兵士，而京都公卿也“屡奏尊氏反状”，后醍醐天皇只是派僧人惠镇到镰仓借宣旨之名打探情况而已。惠镇尚未成行，足利尊氏请讨新田义贞的上书就在十一月十八日传至京都，将新田义贞比作赵高，自比章邯，导致京都震动。后醍醐天皇这才确认足利尊氏要反，遂派尊良亲王、新田义贞等领兵讨伐足利尊氏，并在十一月二十六日正式削夺足利尊氏官爵。
足利直义与诸将戎装见足利尊氏，请求他出兵迎战官军。足利尊氏不愿蒙受反叛之名，默然良久后，对足利直义等人说：“我以源氏之宗，承久已来，为北条氏所抑制，今日乃获位二品。职忝阃寄，虽以微功，亦帝恩矣，义不可背。今者被谴，正以戕亲王与招兵故也，而二者皆非我所为。陈情控诉，冀其弭疑；或不见听，便当薙发遁世以自明无罪耳。卿等善为身图，我不敢弯弓向王师矣。”还没说完，就“作色而起”，令足利直义等“相顾错愕”。他遁入建长寺，欲剃发为僧，在左右的劝阻下没有马上剃发。其后，足利直义与诸将私下决定迎战官军，结果在十二月五日兵败手越河原，新田义贞率军追至伊豆。在此千钧一发的时刻，足利直义与上杉重能等伪造数十道纶旨，要求追捕足利尊氏兄弟，“以正朝宪”。足利直义将这些纶旨带到建长寺，出示给足利尊氏，并怂恿道：“是手越之战所获。上意如此，公纵遁于桑门，恐不得免，愿思门户之计。”足利尊氏便奋然而起，说：“死生与汝俱！”马上脱下僧服，穿上锦直垂，领兵出战。十二月十一日，足利尊氏在竹下、足利直义在箱根山击败官军，翌日战于佐野山，大友贞载、盐冶高贞倒戈投奔足利尊氏，官军溃败。十三日，又败官军于伊豆。足利尊氏遂率军长驱西进。
建武三年（1336年，延元元年）正月，足利尊氏至近江国，攻陷伊岐洲城，在山崎击破胁屋义助所率官军。正月十一日，攻入京都。其后一个月，足利尊氏欲进攻后醍醐天皇所在的延历寺，与胁屋义助、楠木正成等反复拉锯，战局不利。赤松则村劝足利尊氏到九州募兵，再取京都。于是足利尊氏于二月十二日率兵渡海赴九州，二十日抵达大宰府之赤间关，期间十分狼狈，士兵两千人溺死海中，接着又分遣诸将守备在本州的根据地，所以只有五百人与他相随，受到当地豪族少贰赖尚的迎接。三月初二日，足利尊氏在多多良滨击败菊池武敏所率数万官军，在九州站稳脚跟。后醍醐天皇又派新田义贞西征足利尊氏，足利尊氏也决意东进，为师出有名，他请来持明院上皇（光严天皇）的院宣，从而造成“两帝争国”的局面。四月初三日，足利尊氏让一色范氏等留在九州，率领少二、大友等九州势力离开博多。途中与中国、四国势力会合，兵分两路，足利尊氏从海路率七千艘水师、足利直义取陆路率二十万大军向东进发。四月二十五日，在兵库和田岬击败新田义贞军，在凑川之战全歼楠木正成的军队。后醍醐天皇在二十七日逃往比叡山。二十九日，足利直义的军队进入京都。足利尊氏也在六月十四日奉光严天皇及其皇弟丰仁亲王进京。八月十五日，丰仁亲王在没有神器的情况下即位，是为光明天皇。之后两军持续交战，由于名和长年等人的战死，后醍醐天皇方面败相毕露。后醍醐天皇命令新田义贞奉恒良、尊良两亲王前往北陆，自己则于十月十日按照足利尊氏之前的邀请返京，十一月二日，授予光明天皇神器。建武新政在仅仅两年半后就宣告结束。
七、室町开府
建武三年（1336年）十一月七日，足利尊氏公布了《建武式目》的十七条，向天下宣布幕府的复兴，并展示了今后施政的基本方针。这一文件不仅明确了幕府的政策方向，也为室町幕府的建立奠定了法律基础。从建武三年（1336年）到建武四年（1337年），幕府的组织结构逐渐确立。足利尊氏在这段时间内被拜为权大纳言，历应元年（1338年）八月十一日，他正式就任征夷大将军，位阶进入正二位，室町幕府正式成立。
在此期间，后醍醐天皇于建武三年（1336年）十二月二十一日秘密逃出京都，潜行至大和吉野，开设朝廷（史称南朝），与足利尊氏拥立的京都朝廷（史称北朝）对抗，日本的南北朝时代正式开始。后醍醐天皇呼吁全国讨灭足利氏，派遣皇子、诸将在各地努力扶植收复京都的势力。作为应对，足利尊氏任命一族为守护，配置于各国，特别是在关东、九州等前代以来的有力豪族拥有守护职的地方，设置了关东管领、九州探题，以对抗南朝势力，形成了对日本的全面控制布局。
两军的战斗在各地展开。北陆方面，新田义贞进入金崎城，与本据地上野、越后联络开始活动。重视事态的足利尊氏让越前守护斯波高经、若狭守护斯波家兼兄弟负责对付新田义贞，并派执事高师直之弟高师泰作为后援。高师泰等在建武四年（1337年）三月攻陷金崎城，尊良亲王自杀，恒良亲王被捕。斯波军在此后与新田军激战。历应元年（1338年）闰七月的藤岛之战，新田义贞败死，这对南朝方是一个极大的打击。
奥州方面，北畠显家受到足利军的猛攻，不得不放弃多贺国府。建武四年（1337年）正月，他转移到伊达郡的灵山，由于后醍醐天皇的命令再度踏上西上之途。同年八月，带领十万精锐出发。十二月，导致在镰仓辅佐足利义诠的斯波家长败死。历应元年（1338年）一月，北畠显家到达美浓。于是足利尊氏派遣高师冬防御显家军，高师冬的军势在同国青野原大败。北畠显家军自此南进伊势，经伊贺向奈良进发，准备进攻京都。对此，足利方的高师直率大军南下，二月在般若坡击破北畠显家军，连战之末的五月，北畠显家在和泉石津败死。
北畠显家、新田义贞的相继阵亡，对南朝方来说是极大的打击。后醍醐天皇为了挽回颓势，采用再次派遣皇子到各地的策略。同年九月，怀良亲王作为征西大将军下向西国，义良、宗良两亲王与北畠亲房及其次子北畠显信等下向东国。伊势出航的义良亲王一行，在途中遭遇暴风雨，义良亲王（后村上天皇）被吹回伊ise，宗良亲王漂至远江国，只有北畠亲房成功到达目的地常陆。进入常陆的北畠亲房为争取南朝的据点而奋斗，不久由于关东执事高师冬的东下逐渐受到压迫。康永二年（1343年）十一月，北畠亲房含恨返回吉野。自此之后，后醍醐天皇在历应二年（1339年）得病，八月十六日在吉野去世，义良亲王即位，即后村上天皇。
足利尊氏接到后醍醐天皇驾崩的消息后，十分感慨，立刻停止幕府的杂务七天，以表示哀悼之意。同年冬天，为了吊唁天皇的菩提，他在洛西之地创建了天龙寺。历应四年（1341年）七月，天龙寺竣工时，足利尊氏与足利直义一起出席，亲自负责着土。
八、观应扰乱
观应扰乱是室町幕府早期的一次重大内乱，发生在足利尊氏与足利直义兄弟之间。这场内乱不仅影响了幕府的稳定，还导致了南北朝之间的进一步对抗。
后醍醐天皇去世后，南朝逐渐丧失了势力。贞和四年（1348年）正月，楠木正行在河内的四条畷败死，后村上天皇逃往奥地的贺名生，南朝完全成为徒有其名的存在。此时，足利方内部出现了足利尊氏与足利直义兄弟的不和，引发了内部纠纷，即观应之扰乱。
在日本历史学家佐藤进一的描述中，室町幕府初期实行了一种“两头政治”：足利尊氏掌握主从制的支配权，而足利直义则拥有实际的统治权。这种权力分配虽然在一定程度上保持了幕府的稳定，但也埋下了内部纷争的隐患。
贞和五年（正平四年，1349年），以高师直为首的反直义派与直义发生了强烈冲突。高师直一派袭击了足利直义，直义逃往尊氏的邸宅中避难。然而，高师直包围了尊氏的邸宅，要求直义隐退。最终，足利直义被迫出家退隐。在这次事件中，足利尊氏最初持中立态度，但最终也扮演了积极的角色。
足利尊氏让自己的嫡子足利义诠从镰仓回到京都，代替直义之位，行使政务；次子足利基氏则代替义诠之位，封为镰仓公方，在东国设置镰仓府。直义退隐后，其犹子足利直冬（也是尊氏的庶子）在九州扩大了直义一派的势力。
观应元年（正平五年，1350年），足利尊氏出兵中国地方，讨伐直冬。足利直义趁机逃出京都并向南朝投降，桃井直常、畠山国清等直义派武将也纷纷追随。直义势力强大，义诠战败，逃出京都。从京都回军的足利尊氏在打出滨之战中大败。为了平息内乱，足利尊氏以胁迫高师直、高师泰兄弟出家并流放外地为条件，与足利直义达成和解。
次年，足利尊氏与足利直义达成和议。足利尊氏让上杉能宪押解高师直一族流放外地，但由于杀父之仇的缘故，能宪在途中私自处决了高师直一族。足利直义回到了幕府，管理政务，由足利义诠担任其副手。
尊氏和义诠以讨伐谋反的佐佐木道誉、赤松则佑为由亲自出兵近江、播磨，实际上是就讨伐直义、直冬的问题同南朝方面进行讲和。得知此事的直义经北陆道逃往镰仓。同年十月，足利尊氏同南朝讲和，废除了北朝朝廷，向南朝投降，史称正平一统。同时，尊氏率军讨伐直义，进入东海道，在骏河萨捶山（今静冈县静冈市清水区）、相模早川尻（今神奈川县小田原市）等战役中击破直义，逮捕了足利直义并将他关押在镰仓。观应三年（正平七年，1352年）二月，足利直义突然死去。
就在足利尊氏离开京都的时候，南朝方面撕毁了和约，进攻室町幕府。宗良亲王、新田义兴、新田义宗、北条时行等支持南朝的军队袭击了尊氏，尊氏退往武藏国，但很快就反击并压制了关东的南朝势力，回到京都。此后，足利直冬进攻京都，最终被击败，逃往九州。文和三年（正平九年，1354年），直冬曾一度夺下京都，但次年就被尊氏收复。
延文三年（正平十三年，1358年）四月三十日，足利尊氏背上长了肿瘤，在京都二条万里小路第逝世，享年54岁。遗骸被埋葬在洛北衣笠山的等持院。法号为等持院殿仁山妙义。关东方面则称为长寿寺殿，由尊氏创立的镰仓长寿寺是他的菩提所。相当于百筒日的同年八月十一日，足利庄的鑁阿寺大御堂为了祈冥福而进行曼荼罗供。
九、两朝一统
足利尊氏死后，室町幕府的主人变为其子足利义诠。延文三年（1358年）十二月十八日，足利义诠正式就任征夷大将军。足利义诠死后，其子足利义满继承了征夷大将军之位。由于义满年幼，细川赖之作为摄政，首先必须确保将军的地位绝对化，以稳定幕府的统治。
作为开始，细川赖之就任管领不久，首先颁布了五条禁制，纠正幕府内的纲纪，以强化中央集权。同时，他利用义满的元服仪式、判始、诸社参拜等重要活动，提高将军的权威，举行了极为威严盛大的仪式，以增强将军在武士和民众中的威望。
在对南朝的战略上，细川赖之采取了分化瓦解的策略。应安二年（1369年）二月，他成功引诱了被南朝孤立的和平论者楠木正仪，使其归顺幕府。楠木正仪的归顺不仅削弱了南朝的力量，还为幕府赢得了更多的支持。
经过多年的努力，室町幕府逐渐削弱了南朝的势力。明德三年（1392年）闰十月，南朝的后龟山天皇终于还幸京都，向北朝的后小松天皇进行让国仪式，授予神器，实现了两朝的合一。
